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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001520

染色体: Chr04 坐标: 25114662-25121636 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001520
名称SmilChr04G001520
描述protein DA1-related 2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向25114662 - 25121636 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019542
GeneID131019542
locus_tag-
NCBI NameLOC131019542
原始查询LOC131019542

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DA1-related 2-like
产物protein DA1-related 2-like
ArabidopsisAT2G39830 (DAR2)
DA1-related protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818570]
identity=67.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0267800
-
identity=59.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0043130 (ubiquitin binding)
KEGG-
PfamPF00412 (LIM); PF12315 (DA1-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019542

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057804090.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057804090.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057804091.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804090.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804090.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:25116921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B90,C87
Chr4:25116937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B90,C87
Chr4:25116957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,C52,D10
Chr4:25116963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:25119808 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,C52,D10
Chr4:25119960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87
Chr4:25119990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B17,C45
Chr4:25120015 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B125,B90,B92,C87
Chr4:25120544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87
Chr4:25121022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr4:25121117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr4:25121215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804090.1
508 aa
N
1
254
508
LIM
DA1-like
C
PF00412 LIM 134-188 aa PF12315 DA1-like 283-503 aa
XP_057804091.1
487 aa
N
1
244
487
LIM
DA1-like
C
PF00412 LIM 113-167 aa PF12315 DA1-like 262-482 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804090.1 Pfam PF00412 LIM Domain 134 188 8.4e-08 33.1 LIM domain
XP_057804090.1 Pfam PF12315 DA1-like Family 283 503 9.5e-93 310.2 Protein DA1
XP_057804091.1 Pfam PF00412 LIM Domain 113 167 8.1e-08 33.1 LIM domain
XP_057804091.1 Pfam PF12315 DA1-like Family 262 482 8.7e-93 310.3 Protein DA1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948107.1
TTGTTGTATACTTTAGTCATTGTGTCCATTTTTGTTTTTATTTTTAGACTAGCAAAATGAATATTTTGATACATCGTAATATAGTAGATTGATGTCACCCTTTTGTCTACCTTGTTTAGCAAGTTGCATGCTTATGGAATATGTGTGTAGCCCTCTTTTTGCAATGAGGGCATCTCTTGTACGCTTTTTCGATCTTTATAAAATTGAACTGCAAAAAATGCCTTCTCCCTTTTAATTTCCATGGAGCCCCATGTGAATTT...
XM_057948108.1
GCTGTGTTTGAAGATTGTTAAGTTAAAGATTGTGTCTTTATGGAATTTGAGTGATGCCCTTTTGCATTTTTTTATGTGGGTTTGTTCCTGTTTGTGTAAAGATGATGCCTTTTTGAACATCCAGTTGATGCTTCTAATATTTGACGGTTTATAATTTTTGCTTCTACAAGAAGATTATTTCTTCTATGCCAATTCATATTTCTTGTTAGCTGTCTATAAATATGTGGTGGGATGGAGTCTTGTGCAATTCATTTGTTGGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131019542
ATGTCTTCTTCAAATGTCAACCACCTTTCTCATCCCTGTATTTATGAGAGGAAATCGCGTTTCATGAAATGGCTGAGTAAGATTTTCAAGGGCGGGGCGAGCAGCAGGGAAGTTTCAACCGGTTCACAGCAACCTCAGTTTCTTGGGGAGGAAAACATGGTGTGGCGTGCTCCCTTTAGATCCCTGGATGAACGATCTCGGGGCAGCAGAGAGAAGGAGGAATTAGATCGCGCAATTGCGCTGTCTATGTCAGAAGATTT...
LOC131019542
ATGAAATGGCTGAGTAAGATTTTCAAGGGCGGGGCGAGCAGCAGGGAAGTTTCAACCGGTTCACAGCAACCTCAGTTTCTTGGGGAGGAAAACATGGTGTGGCGTGCTCCCTTTAGATCCCTGGATGAACGATCTCGGGGCAGCAGAGAGAAGGAGGAATTAGATCGCGCAATTGCGCTGTCTATGTCAGAAGATTTAAAGAGACCAAATGGATACAGATGGCGAGCAGAAAATGATGAGGATGTAGCAAGGTCACTTCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057804090.1
MSSSNVNHLSHPCIYERKSRFMKWLSKIFKGGASSREVSTGSQQPQFLGEENMVWRAPFRSLDERSRGSREKEELDRAIALSMSEDLKRPNGYRWRAENDEDVARSLRDSFNSAPYPSYAPRERDYYPRGSRKCAGCRRDIGYGNYLGCMGAFYHPECFRCHACNYPITEHEFSLSGRETYHKSCFKELNHPKCEVCHQFIPTNNMGLIEYRCHPFWSQKYCPSHEHDNTPRCCSCERLESRNTRYISLGDGRCLCLECM...
XP_057804091.1
MKWLSKIFKGGASSREVSTGSQQPQFLGEENMVWRAPFRSLDERSRGSREKEELDRAIALSMSEDLKRPNGYRWRAENDEDVARSLRDSFNSAPYPSYAPRERDYYPRGSRKCAGCRRDIGYGNYLGCMGAFYHPECFRCHACNYPITEHEFSLSGRETYHKSCFKELNHPKCEVCHQFIPTNNMGLIEYRCHPFWSQKYCPSHEHDNTPRCCSCERLESRNTRYISLGDGRCLCLECMESAIMDTGDCQPLYHSIRDYY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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