当前解析结果
SmilChr04G001671| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001671 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001671 |
| 描述 | pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 27656876 - 27668710 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131019553 |
|---|---|
| GeneID | 131019553 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019553 |
| 原始查询 | LOC131019553 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1 |
| 产物 | pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1 |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019553 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057804102.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057804102.1 |
| 3 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057804102.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804102.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804102.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:27660005 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B89 |
Chr4:27660049 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B21,C39 |
Chr4:27660049 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B21,C39 |
Chr4:27660052 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B21,C39 |
Chr4:27660069 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B67,B75,C34,C6 |
Chr4:27660069 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B67,B75,C34,C6 |
Chr4:27660111 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A1,B132 |
Chr4:27660144 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr4:27660147 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A22,B114,B96,C39,C72 |
Chr4:27660155 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C10,C72 |
Chr4:27660267 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B39,B62,C5 |
Chr4:27660267 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B39,B62,C5 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
11 records
下载 cDNA FASTA11 records
下载 CDS FASTA11 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。