Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001699`

染色体: Chr04 坐标: 28081286-28084501 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001699`
名称	SmilChr04G001699
描述	NAC domain-containing protein 54
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	28081286 - 28084501 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019585`
GeneID	`131019585`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019585`
原始查询	`LOC131019585`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	NAC domain-containing protein 54
产物	NAC domain-containing protein 54
Arabidopsis	`AT3G17730` (NAC057) NAC domain containing protein 57 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821041] identity=74.8; qcov=0.888; evalue=3.57e-126; confidence=high
Rice	`Os09g0552800` (ONAC109) - identity=72.3; qcov=0.929; evalue=1.19e-123; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF02365 (NAM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019585

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057804140.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804140.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804140.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057804140.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057804140.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:28083834`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr4:28084278`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A13,A7,B136,B83,B84,C13,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804140.1

269 aa

134

269

NAM

PF02365 NAM 32-158 aa

XP_057804141.1

268 aa

134

268

NAM

PF02365 NAM 32-158 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804140.1`	Pfam	`PF02365`	NAM	Family	32	158	3.6e-50	170.2	No apical meristem (NAM) protein
`XP_057804141.1`	Pfam	`PF02365`	NAM	Family	32	158	3.6e-50	170.3	No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948158.1
CTTGCTTTAAACCCTTCTTTCACGAGGGAAAGCATTGGGCCCAGTGTCGCTGATTTTGTCTATATAAGATATAAAGAGCTAGCTGCGGAAAACAAGACACAAGAAACGTTGTAGCATATATGATGATTAGAAAATAAAATATATTTGATGGGAGAATATGGGGCTTCCAAGAAACGCTTCTGGGAATCTAGAAAAGAGAAAAAGGAGAAGATACTTTGAATGGAGTTATATAAATCCCACATGATGGTAGTGTTGTTGGA...

XM_057948157.1
CTTTAAACCCTTCTTTCACGAGGGAAAGCATTGGGCCCAGTGTCGCTGATTTTGTCTATATAAGATATAAAGAGCTAGCTGCGGAAAACAAGACACAAGAAACGTTGTAGCATATATGATGATTAGAAAATAAAATATATTTGATGGGAGAATATGGGGCTTCCAAGAAACGCTTCTGGGAATCTAGAAAAGAGAAAAAGGAGAAGATACTTTGAATGGAGTTATATAAATCCCACATGATGGTAGTGTTGTTGGAGCAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131019585
ATGGAGTTATATAAATCCCACATGATGGTAGTGTTGTTGGAGCATTTCAAAAGTGGCGCCGGCGGTGGTAGCATCATGGCCCCAGTCGGATTGCCTCCCGGTTTCAGGTTCCACCCCACCGACGAAGAGCTCGTCAACTACTACCTCAAGAGGAAGATCCAAGGCCAAGAAATCGAGCTCGATATCATCCCCGAAGTCGACCTTTACAAATGCGAGCCCTGGGAGCTCGCAGACAAGTCTTTCCTACCAAGTCGGGACCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057804140.1
MELYKSHMMVVLLEHFKSGAGGGSIMAPVGLPPGFRFHPTDEELVNYYLKRKIQGQEIELDIIPEVDLYKCEPWELADKSFLPSRDPEWYFFGPRDRKYPNGFRTNRATRAGYWKSTGKDRRVTSQNRAVGMKKTLVYYRGRAPQGIRTDWVMHEYRLDDKEWEDVSGIQVDSYALCRVFKKNGLCSEVEELGQSSSIPLLDHYMQGASNEHETMSPDFPLASSSTICMEEEDKDDKDESWMQFITDDVWCSSSATFGGE...

XP_057804141.1
MELYKSHMMVVLLEHFKSGAGGGSIMAPVGLPPGFRFHPTDEELVNYYLKRKIQGQEIELDIIPEVDLYKCEPWELADKSFLPSRDPEWYFFGPRDRKYPNGFRTNRATRAGYWKSTGKDRRVTSQNRAVGMKKTLVYYRGRAPQGIRTDWVMHEYRLDDKEWEDVSGIQDSYALCRVFKKNGLCSEVEELGQSSSIPLLDHYMQGASNEHETMSPDFPLASSSTICMEEEDKDDKDESWMQFITDDVWCSSSATFGGEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器