Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001710

染色体: Chr04 坐标: 28261211-28264070 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001710
名称SmilChr04G001710
描述BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向28261211 - 28264070 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019596
GeneID131019596
locus_tag-
NCBI NameLOC131019596
原始查询LOC131019596

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 1-like
产物BTB/POZ and TAZ domain-containing protein 1-like
ArabidopsisAT5G63160 (BT1)
BTB and TAZ domain protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836437]
identity=59.7; qcov=0.88; evalue=4.48e-128; confidence=high
RiceOs01g0893400
-
identity=43.7; qcov=0.869; evalue=1.13e-88; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF00651 (BTB); PF02135 (zf-TAZ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019596

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057804158.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057804158.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057804158.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804158.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804158.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:28261595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr4:28262515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:28262567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:28262920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr4:28263436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr4:28263445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:28263450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B133,B90,C17
Chr4:28263760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804158.1
358 aa
N
1
179
358
BTB
zf-TAZ
C
PF00651 BTB 30-128 aa PF02135 zf-TAZ 213-299 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804158.1 Pfam PF00651 BTB Domain 30 128 1.3e-13 51.7 BTB/POZ domain
XP_057804158.1 Pfam PF02135 zf-TAZ Family 213 299 3.7e-10 40.8 TAZ zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948175.1
AAATTAAAGACGCACCCCGACAGCGCGTGGATGCCCATGTAGGCGTAACCGGGTTCGGGTTATCGGGTCAAGGTTTGGAGACGCCTATAAATAGAGGAGCACGCACTACTCATTCTACGTCTACCAATCTCTCCTATATACTTTTCATTTATTGAGAATTAAATACGCAAAAAGCGACCACAAAAATCATTTTATTAATCATGGTACAGCTGAAGAAGAAACTTTCCGGCAAAATGAGACTAAAATATACTCCTCCGTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019596
ATGGTACAGCTGAAGAAGAAACTTTCCGGCAAAATGAGACTAAAATATACTCCTCCGTACGCCGGCGCCGGCGATATGCCCGAACCCGACATGTATGTCGTCACCTCTGCCGGTCTGCGAATCCCGGCGCACTCTAAGATTTTGGCATCAGCATCGCCGGTGCTGGAGAGCATAGTAGAGAGGCCAGAGAAAAACCGGAGCAACGAACGGAAAATCACGATTTCCGGCGTACCGTACGACGCCGTTCACGTCTTCCTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804158.1
MVQLKKKLSGKMRLKYTPPYAGAGDMPEPDMYVVTSAGLRIPAHSKILASASPVLESIVERPEKNRSNERKITISGVPYDAVHVFLQFLYFTKCSDEQMEKYGIHLLALSHVYSVQQLKQICTRGLAKRLNVDNVVDVLQLARLCDAPDLYLKCIRLLSKNYKAVEETEAWKFLQDHDPHLELQILQFIDEIELRKKRTRRHRQEQSLFMQLSEAMDCLEHICSEGCTSVGPCDMDPNEHKGPCSKFSTCQGIQLLIKHF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器