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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001646

染色体: Chr01 坐标: 30524088-30530209 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001646
名称SmilChr01G001646
描述protein GLUTELIN PRECURSOR ACCUMULATION 3
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向30524088 - 30530209 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019610
GeneID131019610
locus_tag-
NCBI NameLOC131019610
原始查询LOC131019610

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein GLUTELIN PRECURSOR ACCUMULATION 3
产物protein GLUTELIN PRECURSOR ACCUMULATION 3
ArabidopsisAT2G36360 (AT2G36360)
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818209]
identity=61.8; qcov=0.876; evalue=2.79e-170; confidence=high
RiceOs03g0835800 (GPA3)
-
identity=60.6; qcov=0.929; evalue=2.81e-178; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01344 (Kelch_1); PF07646 (Kelch_2); PF24681 (Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019610

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057804185.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057804185.1
3 Vesicle 囊泡 0.60000 XP_057804185.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057804185.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057804185.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:30524983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:30525296 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C32
Chr1:30525296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr1:30525630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B13,D6
Chr1:30525666 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C1
Chr1:30528474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B112,B126,B88,C6
Chr1:30529202 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C1
Chr1:30529618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:30529777 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804185.1
499 aa
N
1
250
499
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
Kelch_1
Kelch_1
Kelch_2
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
C
PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 10-197 aa PF01344 Kelch_1 78-121 aa PF01344 Kelch_1 133-170 aa PF07646 Kelch_2 133-172 aa PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 224-327 aa
XP_057804192.1
451 aa
N
1
226
451
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
Kelch_1
Kelch_2
Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7
C
PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 46-208 aa PF01344 Kelch_1 85-122 aa PF07646 Kelch_2 85-124 aa PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 176-279 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804185.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 10 197 2.9e-75 253.1 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain
XP_057804185.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 78 121 1e-25 89.6 Kelch motif
XP_057804185.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 133 170 1e-25 89.6 Kelch motif
XP_057804185.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 133 172 5.9e-23 80.3 Kelch motif
XP_057804185.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 224 327 2.9e-75 253.1 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain
XP_057804192.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 46 208 1.2e-52 179.1 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain
XP_057804192.1 Pfam PF01344 Kelch_1 Repeat 85 122 1.1e-13 51.1 Kelch motif
XP_057804192.1 Pfam PF07646 Kelch_2 Repeat 85 124 4.7e-13 49.1 Kelch motif
XP_057804192.1 Pfam PF24681 Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7 Repeat 176 279 1.2e-52 179.1 KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948202.1
GACCCATAAGAATCGGGTCATGACCCGTATCTAAGACTATCGCAGTCGCAGAGGCATTTCTTTCGAGTGCTGCTATCCCAAAGAGAGAGGTAGAAAGAGAGATGAAGACTCATTGCTGGGTTCGAGCTTCTGATTCCGATTTTACTGGCCCACTTCCCCAACCTCGAAGTGGCCACACAGCTGTGAACATTGGGAAGTCGAAGATTATATTTTTTGGTGGCCTGGTGGACAAGCAATTCCTAAATGACGTCACAGTTTAT...
XM_057948209.1
TGGCCACACAGCTGTGAACATTGGGAAGTCGAAGATTATATTTTTTGGTGGCCTGGTGGACAAGCAATTCCTAAATGACGTCACAGTTTATGACATTGACAACGATATGTGGTTTCAACCAGAGTGCACGGGCAGTGGTTCCGATGGGAATGTGGGCCCAAGTCCACGTGCTTTTCATATTGCTGTTTCAATTGATTGTCACATGTTCATATTTGGTGGGAGGTCTGGTGCTAAGAGGTATCTATTTATTCTTCTTGGTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131019610
ATGAAGACTCATTGCTGGGTTCGAGCTTCTGATTCCGATTTTACTGGCCCACTTCCCCAACCTCGAAGTGGCCACACAGCTGTGAACATTGGGAAGTCGAAGATTATATTTTTTGGTGGCCTGGTGGACAAGCAATTCCTAAATGACGTCACAGTTTATGACATTGACAACGATATGTGGTTTCAACCAGAGTGCACGGGCAGTGGTTCCGATGGGAATGTGGGCCCAAGTCCACGTGCTTTTCATATTGCTGTTTCAAT...
LOC131019610
ATGACGTCACAGTTTATGACATTGACAACGATATGTGGTTTCAACCAGAGTGCACGGGCAGTGGTTCCGATGGGAATGTGGGCCCAAGTCCACGTGCTTTTCATATTGCTGTTTCAATTGATTGTCACATGTTCATATTTGGTGGGAGGTCTGGTGCTAAGAGGTATCTATTTATTCTTCTTGGTCACAGATATTTGGCAGTGGTCAGAACTTACCACATTTGGCGATTTGCCTTCATCTAGGGACTTTGCAGCTGCTTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057804185.1
MKTHCWVRASDSDFTGPLPQPRSGHTAVNIGKSKIIFFGGLVDKQFLNDVTVYDIDNDMWFQPECTGSGSDGNVGPSPRAFHIAVSIDCHMFIFGGRSGAKRLCDFWVLDTDIWQWSELTTFGDLPSSRDFAAASAVGNNKIVMYGGWDGKKWLSDVYVLDTISLEWMELSVSGTIPPPRCGHSVTMIEKRLLIYGGRGGGGPIMGDLWALKGLIKEENEPPGWTQLKLPGQAPSPRCGHTVASGGPYLMLFGGHGTGGW...
XP_057804192.1
MTSQFMTLTTICGFNQSARAVVPMGMWAQVHVLFILLFQLIVTCSYLVGGLVLRGIYLFFLVTDIWQWSELTTFGDLPSSRDFAAASAVGNNKIVMYGGWDGKKWLSDVYVLDTISLEWMELSVSGTIPPPRCGHSVTMIEKRLLIYGGRGGGGPIMGDLWALKGLIKEENEPPGWTQLKLPGQAPSPRCGHTVASGGPYLMLFGGHGTGGWLSRYDIYYNDCVVLDRVSVQWKRLPTSNEPPAARAYHSMNCAGTRYLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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