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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001741

染色体: Chr04 坐标: 28659645-28662241 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001741
名称SmilChr04G001741
描述protein REDOX 2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向28659645 - 28662241 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019621
GeneID131019621
locus_tag-
NCBI NameLOC131019621
原始查询LOC131019621

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein REDOX 2-like
产物protein REDOX 2-like
ArabidopsisAT1G59960 (AT1G59960)
NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842290]
identity=53.1; qcov=0.843; evalue=1.83e-63; confidence=high
RiceOs04g0447500
-
identity=47.7; qcov=0.919; evalue=4.76e-63; confidence=high
GOGO:0004032 (aldose reductase (NADPH) activity); GO:0005829 (cytosol)
KEGGsmil00999 (Biosynthesis of various plant secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00248 (Aldo_ket_red)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019621

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057804195.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057804195.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057804195.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057804195.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804195.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:28659880 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr4:28659908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C74
Chr4:28659909 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B29
Chr4:28659916 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 25 A14,A6,B10,B113,B19,B37,B45,B5,B61,B7,B72,B73,B80,B83,B87,B97,C20,C24,C28,C3,C38,C40,C78,C81,D9
Chr4:28661724 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 27 A10,A19,B101,B108,B109,B12,B123,B136,B14,B25,B3,B44,B68,B71,B85,B99,C24,C30,C32,C48,C49,C57,C58,C61,C68,C86,D7
Chr4:28661732 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 A5,B29
Chr4:28661732 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 A5,B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804195.1
210 aa
N
1
105
210
Aldo_ket_red
C
PF00248 Aldo_ket_red 17-188 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804195.1 Pfam PF00248 Aldo_ket_red Domain 17 188 4.4e-31 108.8 Aldo/keto reductase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948212.1
AAATTTTGCGTGCTTTGTGACTGGGCTGAGGTTGATATAAATAACGCACCTATGGAAAGCAATACTCATCCACTAATTTGGTTTTTTGTATTACAAAATTCGCATGCAACAAAACTTGATAATTAAAATTTAATTAAGAAGAGATGGTTGTTGGTGAAATAGTGTTGAATTCCGGCCATAAGATGCCGGCGCTGGGCTTCGGAACCGCCGCGCTTCCTGCGCCGACGATGGACGAGCTCACAGCCATCATCGTCGACGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019621
ATGGTTGTTGGTGAAATAGTGTTGAATTCCGGCCATAAGATGCCGGCGCTGGGCTTCGGAACCGCCGCGCTTCCTGCGCCGACGATGGACGAGCTCACAGCCATCATCGTCGACGGTATCGCGGCCGGGTACCGCCACATCGATACTGCAGCCATGTATGGCAACGAGGAGGCGGTCGGGCTAGCGGTGGCGGAGGCGGTGGAGCGCGGCCTCATCAAGAGCCGCGGAGAAGTCTTCGTTACGTCCAAGTTGAATGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804195.1
MVVGEIVLNSGHKMPALGFGTAALPAPTMDELTAIIVDGIAAGYRHIDTAAMYGNEEAVGLAVAEAVERGLIKSRGEVFVTSKLNVNDNHRDLVLPALNQTLSKLKFDYVDLYLIHWPLRIKKGGDVYNLRAEDLLHFDVKGIWEAMEECSKLGLAKSIGVSNFSSAKLSKILEFATIPPSVNQVEMNGSSKKWCNFARRRIFMYRHGLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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