当前解析结果
SmilChr04G001741| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001741 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001741 |
| 描述 | protein REDOX 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 28659645 - 28662241 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131019621 |
|---|---|
| GeneID | 131019621 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019621 |
| 原始查询 | LOC131019621 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein REDOX 2-like |
| 产物 | protein REDOX 2-like |
| Arabidopsis | AT1G59960 (AT1G59960)NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842290] identity=53.1; qcov=0.843; evalue=1.83e-63; confidence=high |
| Rice | Os04g0447500- identity=47.7; qcov=0.919; evalue=4.76e-63; confidence=high |
| GO | GO:0004032 (aldose reductase (NADPH) activity); GO:0005829 (cytosol) |
| KEGG | smil00999 (Biosynthesis of various plant secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00248 (Aldo_ket_red) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019621 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057804195.1 |
| 2 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.40000 | XP_057804195.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057804195.1 |
| 4 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057804195.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804195.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:28659880 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr4:28659908 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C74 |
Chr4:28659909 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B29 |
Chr4:28659916 |
G |
GTA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 25 | A14,A6,B10,B113,B19,B37,B45,B5,B61,B7,B72,B73,B80,B83,B87,B97,C20,C24,C28,C3,C38,C40,C78,C81,D9 |
Chr4:28661724 |
G |
GTA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 27 | A10,A19,B101,B108,B109,B12,B123,B136,B14,B25,B3,B44,B68,B71,B85,B99,C24,C30,C32,C48,C49,C57,C58,C61,C68,C86,D7 |
Chr4:28661732 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | A5,B29 |
Chr4:28661732 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | A5,B29 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804195.1PF00248
Aldo_ket_red 17-188 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804195.1 |
Pfam | PF00248 |
Aldo_ket_red | Domain | 17 | 188 | 4.4e-31 | 108.8 | Aldo/keto reductase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。