Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001767`

染色体: Chr04 坐标: 29076848-29082118 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001767`
名称	SmilChr04G001767
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	29076848 - 29082118 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019644`
GeneID	`131019644`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019644`
原始查询	`LOC131019644`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
Arabidopsis	`AT3G50950` (ZAR1) HOPZ-ACTIVATED RESISTANCE 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824259] identity=24.3; qcov=0.925; evalue=1.35e-19; confidence=weak
Rice	`Os02g0191000` - identity=26; qcov=0.96; evalue=4.28e-23; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF13401 (AAA_22); PF18052 (Rx_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019644

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057804215.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804215.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804215.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804215.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057804215.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:29077083`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	A19,B109,B26,B3,C4,C82
`Chr4:29077104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr4:29077203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B46,B48,B64,C37
`Chr4:29077373`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,C52
`Chr4:29079461`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,D11
`Chr4:29079470`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B117,B54,C23,D11
`Chr4:29079473`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,C23
`Chr4:29079492`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,D11
`Chr4:29079546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr4:29079647`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr4:29080071`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	A11,A23,B53,C68
`Chr4:29080071`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	4	A11,A23,B53,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804215.1

400 aa

200

400

Rx_N

NB-ARC

AAA_22

PF18052 Rx_N 12-97 aa PF00931 NB-ARC 168-334 aa PF13401 AAA_22 179-290 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804215.1`	Pfam	`PF18052`	Rx_N	Domain	12	97	1.2e-09	38.8	Rx N-terminal domain
`XP_057804215.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	168	334	5e-25	88.8	NB-ARC domain
`XP_057804215.1`	Pfam	`PF13401`	AAA_22	Domain	179	290	7.8e-07	30.2	AAA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948232.1
ATTTTTTTAACCAAGGGGGCAGAAATTAATATACTCATCAAGCGCTCCATCTCTGTGTACATCTATCAAATATTGCACAGATCTGGAGAGAGGAGATATATGCCACAAAATGGAAGCTATAGCAGTGGAACTTGCCATTGAAGCAGTGAAGTTCTTGGTGGGAAGATTCATTCAGCAACTGGAAGAGCAGAAACTTTTGATCGACGAGGCGGCGGTCCGGTTGGAGGAGCTGGAGAGGGACAACAAATTCTTGACAGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019644
ATGGAAGCTATAGCAGTGGAACTTGCCATTGAAGCAGTGAAGTTCTTGGTGGGAAGATTCATTCAGCAACTGGAAGAGCAGAAACTTTTGATCGACGAGGCGGCGGTCCGGTTGGAGGAGCTGGAGAGGGACAACAAATTCTTGACAGAATATCTTGAAGACGCCATTAAAAAGCCTAAGAGCAACAACCTTATCGATAGAACTCTCCTGAGAGAAGTACGCGACAGCGTTTACAAAGCTGAAGATGCCATCGATTCCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804215.1
MEAIAVELAIEAVKFLVGRFIQQLEEQKLLIDEAAVRLEELERDNKFLTEYLEDAIKKPKSNNLIDRTLLREVRDSVYKAEDAIDSFAFKVADRESKWYSGIKKSAKPVVEIAQLIKSVAESVNKIRQKVEERDKDTAHATDNEGLPEYEGEPPIQEYGPIFAEEEKRLRQRLIGEAKQPDVIFITGTHGIGKTTLAAKMFHDSKMRKQDFNKHIWVSVHNPTPKNILLVVLRRLNKLPDDVPIPKIIWELCDQVASCLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器