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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001772

染色体: Chr04 坐标: 29122745-29126625 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001772
名称SmilChr04G001772
描述probable disease resistance RPP8-like protein 2
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向29122745 - 29126625 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019648
GeneID131019648
locus_tag-
NCBI NameLOC131019648
原始查询LOC131019648

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable disease resistance RPP8-like protein 2
产物probable disease resistance RPP8-like protein 2
ArabidopsisAT1G53350 (AT1G53350)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771]
identity=28.6; qcov=1.01; evalue=7.77e-102; confidence=low
RiceOs11g0633500
-
identity=33.2; qcov=0.588; evalue=3.65e-77; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF13401 (AAA_22); PF13671 (AAA_33); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019648

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804218.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804218.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804218.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804218.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804218.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:29122942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B13
Chr4:29122966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B73,C81
Chr4:29123011 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr4:29123032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr4:29123086 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr4:29123143 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B19
Chr4:29123143 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 B19
Chr4:29124008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B131,B54,C35
Chr4:29124127 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 2 A19,B35
Chr4:29124127 CT C 1bp_deletion CDS_variant 2 A19,B35
Chr4:29124600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B73,C81
Chr4:29124972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B131,B54,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804218.1
896 aa
N
1
448
896
Rx_N
NB-ARC
AAA_22
AAA_33
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-91 aa PF00931 NB-ARC 157-325 aa PF13401 AAA_22 174-262 aa PF13671 AAA_33 174-307 aa PF23559 WHD_DRP 419-489 aa PF23598 LRR_14 544-853 aa
XP_057804220.1
896 aa
N
1
448
896
Rx_N
NB-ARC
AAA_22
AAA_33
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-91 aa PF00931 NB-ARC 157-325 aa PF13401 AAA_22 174-262 aa PF13671 AAA_33 174-307 aa PF23559 WHD_DRP 419-489 aa PF23598 LRR_14 544-853 aa
XP_057804221.1
896 aa
N
1
448
896
Rx_N
NB-ARC
AAA_22
AAA_33
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-91 aa PF00931 NB-ARC 157-325 aa PF13401 AAA_22 174-262 aa PF13671 AAA_33 174-307 aa PF23559 WHD_DRP 419-489 aa PF23598 LRR_14 544-853 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804218.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 91 2.5e-19 69.9 Rx N-terminal domain
XP_057804218.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 157 325 8e-46 156.5 NB-ARC domain
XP_057804218.1 Pfam PF13401 AAA_22 Domain 174 262 2.5e-06 28.5 AAA domain
XP_057804218.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 174 307 1.5e-06 29.3 AAA domain
XP_057804218.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 419 489 1.2e-21 77.2 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057804218.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 544 853 7.9e-19 68.3 Leucine-rich repeat region
XP_057804220.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 91 2.5e-19 69.9 Rx N-terminal domain
XP_057804220.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 157 325 8e-46 156.5 NB-ARC domain
XP_057804220.1 Pfam PF13401 AAA_22 Domain 174 262 2.5e-06 28.5 AAA domain
XP_057804220.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 174 307 1.5e-06 29.3 AAA domain
XP_057804220.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 419 489 1.2e-21 77.2 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057804220.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 544 853 7.9e-19 68.3 Leucine-rich repeat region
XP_057804221.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 91 2.5e-19 69.9 Rx N-terminal domain
XP_057804221.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 157 325 8e-46 156.5 NB-ARC domain
XP_057804221.1 Pfam PF13401 AAA_22 Domain 174 262 2.5e-06 28.5 AAA domain
XP_057804221.1 Pfam PF13671 AAA_33 Domain 174 307 1.5e-06 29.3 AAA domain
XP_057804221.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 419 489 1.2e-21 77.2 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057804221.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 544 853 7.9e-19 68.3 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948238.1
CAACGGTCACTGGCTGACTATGCGTCTACACCCAAATATCACTCAATTATTAGCTCTCTGCGAGGAGAGGAGACAGATGCAATGGCGGATGCAGCGGTGGAGTTCCTGCTGGAGAACCTCCAGCAGCTGCTGCTTTACCACGTCCACTTAATCAAGGACGCAAAGGAGCAGGTGGAGCGGCTCGAGAGGGACCTCCGCCTCTTCAAATCCTTTCTCAAGGACTCCACCAAAAAGCGCCGCCGCGACGACAGCCTCCGCGA...
XM_057948235.1
CAACGGTCACTGGCTGACTATGCGTCTACACCCAAATATCACTCAATTATTAGCTCTCTGCGAGGAGAGGAGACAGATGCAATGGCGGATGCAGCGGTGGAGTTCCTGCTGGAGAACCTCCAGCAGCTGCTGCTTTACCACGTCCACTTAATCAAGGACGCAAAGGAGCAGGTGGAGCGGCTCGAGAGGGACCTCCGCCTCTTCAAATCCTTTCTCAAGGACTCCACCAAAAAGCGCCGCCGCGACGACAGCCTCCGCGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131019648
ATGGCGGATGCAGCGGTGGAGTTCCTGCTGGAGAACCTCCAGCAGCTGCTGCTTTACCACGTCCACTTAATCAAGGACGCAAAGGAGCAGGTGGAGCGGCTCGAGAGGGACCTCCGCCTCTTCAAATCCTTTCTCAAGGACTCCACCAAAAAGCGCCGCCGCGACGACAGCCTCCGCGAGCTCGTCTGCCAGATTCGCGACGTCGTCTACGAGGCCGAGGACGTCATCGACGCCTTCGTCACCCAGGCCACCGAGAGCAG...
LOC131019648
ATGGCGGATGCAGCGGTGGAGTTCCTGCTGGAGAACCTCCAGCAGCTGCTGCTTTACCACGTCCACTTAATCAAGGACGCAAAGGAGCAGGTGGAGCGGCTCGAGAGGGACCTCCGCCTCTTCAAATCCTTTCTCAAGGACTCCACCAAAAAGCGCCGCCGCGACGACAGCCTCCGCGAGCTCGTCTGCCAGATTCGCGACGTCGTCTACGAGGCCGAGGACGTCATCGACGCCTTCGTCACCCAGGCCACCGAGAGCAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057804218.1
MADAAVEFLLENLQQLLLYHVHLIKDAKEQVERLERDLRLFKSFLKDSTKKRRRDDSLRELVCQIRDVVYEAEDVIDAFVTQATESRSKSRIFRAFQAPVKLLTIAKEVEKVGAKVRDIYGGKGKLDFASLTVGDGGPEESEAPIPRQDDVVGFEDEAETIIGYINAESHELDVISIIGMPGLGKTTLAWKIYRDPDIQYEFPTRVWVYVSQEFSKKDVFLSMLKQLTRPTEDMYRRNDQELAQLVADHLQRGKFLIVMD...
XP_057804220.1
MADAAVEFLLENLQQLLLYHVHLIKDAKEQVERLERDLRLFKSFLKDSTKKRRRDDSLRELVCQIRDVVYEAEDVIDAFVTQATESRSKSRIFRAFQAPVKLLTIAKEVEKVGAKVRDIYGGKGKLDFASLTVGDGGPEESEAPIPRQDDVVGFEDEAETIIGYINAESHELDVISIIGMPGLGKTTLAWKIYRDPDIQYEFPTRVWVYVSQEFSKKDVFLSMLKQLTRPTEDMYRRNDQELAQLVADHLQRGKFLIVMD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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