Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001787`

染色体: Chr04 坐标: 29317036-29319592 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001787`
名称	SmilChr04G001787
描述	cytochrome P450 71A8-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	29317036 - 29319592 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019661`
GeneID	`131019661`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019661`
原始查询	`LOC131019661`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome P450 71A8-like
产物	cytochrome P450 71A8-like
Arabidopsis	`AT3G48280` (CYP71A25) cytochrome P450, family 71, subfamily A, polypeptide 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823986] identity=50.2; qcov=0.994; evalue=7.92e-172; confidence=high
Rice	`Os09g0441400` - identity=37.7; qcov=1.02; evalue=1.09e-126; confidence=medium
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019661

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057804236.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057804236.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804236.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804236.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804236.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:29317360`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,B31,C2,C45
`Chr4:29317554`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr4:29317630`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C30,C49
`Chr4:29317654`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C23
`Chr4:29317654`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C23
`Chr4:29317749`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr4:29317931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,B31,C2,C45
`Chr4:29318929`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr4:29318949`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B114,B22,C48,C57
`Chr4:29319025`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B138,B84,B9,C47
`Chr4:29319064`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D11,D7
`Chr4:29319091`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804236.1

495 aa

248

495

p450

PF00067 p450 39-480 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804236.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	39	480	2.4e-104	350.4	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948253.1
AAATAAGTGCACATTTTTAATGGGACGGATGAAGTATAATCAAGTGAGATATTTTTTCTTCTAACAAAGGAGAGGCAACATAATTTTCTTTCCAGCAGATAAGAACCACAACATCGCCCTACGATCACTAATTATATAGAATCCATATCCACATTGATGCACATACAAAAAAACAGATAGTAAAAAAATGGATGAAACTCTGTTACATCCCTTCGCAATATTCCAAGCTCTTATTTCCTTATTCCTGCTCATCATCCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019661
ATGGATGAAACTCTGTTACATCCCTTCGCAATATTCCAAGCTCTTATTTCCTTATTCCTGCTCATCATCCTCACAAAATGGCTTACAAAATCCGTCAAAAACAAAAACTCGCCACCATCGCCGCCGCGACGGCTACCGATACTCGGCCACCTCCACCAGCTAGGCTCGCTTCCTCACCACAATCTTCACTCCATGGCCAGGAAACACGGCCCGCTCATGCTCCTCCACTTCGGCAGCGTGCCGACGCTGATCGCCTCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804236.1
MDETLLHPFAIFQALISLFLLIILTKWLTKSVKNKNSPPSPPRRLPILGHLHQLGSLPHHNLHSMARKHGPLMLLHFGSVPTLIASSAAAAAEIMKTHDLSFADRPESRVSRRLLYDNKDVSVAPYGEYWRQLKSICVVQLLSNKRVQSFHSVRAEETAILVRKIGESSDQCVNLSQMFTQLTNDVVCRSAIGRKYGGDGEDGERFLEILRNFLEVLGTISIGDFVPCLSWIGRFNGFDGRVDRIAREVDEFLEGVIRER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器