Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001811`

染色体: Chr04 坐标: 29607180-29610502 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001811`
名称	SmilChr04G001811
描述	uncharacterized SmilChr04G001811
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	29607180 - 29610502 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019683`
GeneID	`131019683`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019683`
原始查询	`LOC131019683`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0909300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os01g0909300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os01g0909300` - identity=50; qcov=0.26; evalue=2.37e-49; confidence=weak
GO	GO:0004309 (exopolyphosphatase activity); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019683

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057804255.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.60000	`XP_057804255.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057804255.1`
4	Cytoskeleton	细胞骨架	0.20000	`XP_057804255.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804255.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:29607376`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr4:29607384`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr4:29607467`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B52,B66,C10,C7,C79
`Chr4:29607494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr4:29607560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr4:29608004`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B108
`Chr4:29608043`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr4:29608053`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B134,B81,C6
`Chr4:29608058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr4:29608067`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B41,B53,C37
`Chr4:29608110`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76
`Chr4:29608130`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C22,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948272.1
CTTTCCTTGAAATTTCAGCCCCTCTCTCCCACCGTCACCATGATCAAAATGGAAGCCACAAACAGGAGGTTCGACCGCCGCCCACCAAACGACGGCCGGCCATCGATCAGCCTGCAAAAAAAATTAGCCGAGACGAGGCATGCTACGAATCAAATGCCCGATATAACCGATCTCATGAACGATATGTTTTTTGGAACAACAAACGATGGTGATGGAAAGAAAGGTTACAACCTCACCGAAGGTGGAGGGCGGGCCGTGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019683
ATGATCAAAATGGAAGCCACAAACAGGAGGTTCGACCGCCGCCCACCAAACGACGGCCGGCCATCGATCAGCCTGCAAAAAAAATTAGCCGAGACGAGGCATGCTACGAATCAAATGCCCGATATAACCGATCTCATGAACGATATGTTTTTTGGAACAACAAACGATGGTGATGGAAAGAAAGGTTACAACCTCACCGAAGGTGGAGGGCGGGCCGTGCGCGACCGCCGTGACGATGATTTTGATTCGAGCACAAGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804255.1
MIKMEATNRRFDRRPPNDGRPSISLQKKLAETRHATNQMPDITDLMNDMFFGTTNDGDGKKGYNLTEGGGRAVRDRRDDDFDSSTRSVSSRQTQEWLEEAKKMVASSPSRGGDSPSRLVSSPRFASSQGRLSTSSIDKRDPFSRSARRHRAVQGISGEILSRTAANHTRNRSESNLDPPQSDSEPSSPASEIQKWISNNLKIPNNNPDPIISPEPTPPSPTSNLGAPPLPPRQSFHRRTRFQTDPRSPLSHPITTPTNPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器