Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001816`

染色体: Chr04 坐标: 29650558-29652353 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001816`
名称	SmilChr04G001816
描述	elongation factor TuB, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	29650558 - 29652353 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019685`
GeneID	`131019685`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019685`
原始查询	`LOC131019685`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	elongation factor TuB, chloroplastic-like
产物	elongation factor TuB%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT4G20360` (RABE1b) RAB GTPase homolog E1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827784] identity=82.8; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0595700` (tufA) - identity=85.4; qcov=0.873; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003746 (translation elongation factor activity); GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0070125 (mitochondrial translational elongation)
KEGG	smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00009 (GTP_EFTU); PF03143 (GTP_EFTU_D3); PF03144 (GTP_EFTU_D2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019685

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057804259.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057804259.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804259.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804259.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804259.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:29650889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B88,C7,D1
`Chr4:29650959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr4:29650986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,B76
`Chr4:29651073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133
`Chr4:29651076`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B133
`Chr4:29651076`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B133
`Chr4:29651080`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B133
`Chr4:29651080`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B133
`Chr4:29651085`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B133,B26
`Chr4:29651115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133
`Chr4:29651151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr4:29651337`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804259.1

471 aa

236

471

GTP_EFTU

GTP_EFTU_D2

GTP_EFTU_D3

PF00009 GTP_EFTU 72-273 aa PF03144 GTP_EFTU_D2 297-366 aa PF03143 GTP_EFTU_D3 370-469 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804259.1`	Pfam	`PF00009`	GTP_EFTU	Domain	72	273	3.6e-61	206.8	Elongation factor Tu GTP binding domain
`XP_057804259.1`	Pfam	`PF03144`	GTP_EFTU_D2	Domain	297	366	9.6e-20	71.5	Elongation factor Tu domain 2
`XP_057804259.1`	Pfam	`PF03143`	GTP_EFTU_D3	Domain	370	469	3.6e-40	137.2	Elongation factor Tu C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948276.1
CGGTAGCACAGAAAGCCCATACCCCAGCAGCTGGAGTTATCCGAGGGGAGGGATAGAAGTATACGAGCGGTCCTCTTTTCTTCTTCTCTCAGATAACAGTCTCTTCACTCTCTAATCCCTATCCTCTTCCCCATTTCCTCCCTCCCTCTCTCTCTATCCACCACCATGGCCTCCGTCGCCGCCGCCGCCAAGCTCGCCTACCTCCCCGCAATTGTAACCCCTTCCCTCACCCCCTCAAACCCTACCAAGATAACCCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019685
ATGGCCTCCGTCGCCGCCGCCGCCAAGCTCGCCTACCTCCCCGCAATTGTAACCCCTTCCCTCACCCCCTCAAACCCTACCAAGATAACCCTCTCCTCTTCCTTCACCCCCTCCACCACCACCCTCTTCCTCCACCCGGCCACCACCGCCGCCCCCCTCATCTCCCGGCGCCGCTTCTCCGTCCGCGCGGCCCGCGGCAAGTTCGAGCGCAAGAAGCCCCACGTGAACATCGGCACCATTGGGCACGTGGACCACGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804259.1
MASVAAAAKLAYLPAIVTPSLTPSNPTKITLSSSFTPSTTTLFLHPATTAAPLISRRRFSVRAARGKFERKKPHVNIGTIGHVDHGKTTLTAALTMALASVGGSAPKKYDEIDAAPEERARGITINTATVEYETENRHYAHVDCPGHADYVKNMITGAAQMDGAILVVSGADGPMPQTKEHILLAKQVGVPSMVVFLNKQDQVDDEELLQLVELEVRDLLSSHEFPGDDIPIVSGSALLALEALTSTPGLKKGENEWVDK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器