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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001656

染色体: Chr01 坐标: 30609923-30613970 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001656
名称SmilChr01G001656
描述leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PEPR2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向30609923 - 30613970 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019705
GeneID131019705
locus_tag-
NCBI NameLOC131019705
原始查询LOC131019705

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PEPR2
产物leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PEPR2
ArabidopsisAT1G73080 (PEPR1)
PEP1 receptor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843639]
identity=37.4; qcov=0.975; evalue=0; confidence=medium
RiceOs10g0155700
-
identity=46.7; qcov=0.814; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGGsmil00230 (Purine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019705

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804282.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804282.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804282.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804282.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804282.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:30610252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B47,D7
Chr1:30610406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr1:30610410 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B49
Chr1:30610410 CTG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B49
Chr1:30610734 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr1:30610902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr1:30611314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr1:30611323 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:30611780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B53
Chr1:30611787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C1
Chr1:30611927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:30611966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B19,C38,C50,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804282.1
1125 aa
N
1
562
1125
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 26-61 aa PF00560 LRR_1 144-166 aa PF13855 LRR_8 241-300 aa PF00560 LRR_1 265-287 aa PF00560 LRR_1 289-311 aa PF00560 LRR_1 313-335 aa PF00560 LRR_1 337-359 aa PF00560 LRR_1 507-528 aa PF13855 LRR_8 533-590 aa PF00560 LRR_1 555-577 aa PF00560 LRR_1 579-601 aa PF13855 LRR_8 627-686 aa PF00560 LRR_1 677-697 aa PF00560 LRR_1 700-720 aa PF00069 Pkinase 846-1113 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 849-1115 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804282.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 26 61 8.6e-07 29.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057804282.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 144 166 1.6e-62 194.6 Leucine Rich Repeat
XP_057804282.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 241 300 3.7e-55 184.3 Leucine rich repeat
XP_057804282.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 265 287 1.6e-62 194.6 Leucine Rich Repeat
XP_057804282.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 289 311 1.6e-62 194.6 Leucine Rich Repeat
XP_057804282.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 313 335 1.6e-62 194.6 Leucine Rich Repeat
XP_057804282.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 337 359 1.6e-62 194.6 Leucine Rich Repeat
XP_057804282.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 507 528 1.6e-62 194.6 Leucine Rich Repeat
XP_057804282.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 533 590 3.7e-55 184.3 Leucine rich repeat
XP_057804282.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 555 577 1.6e-62 194.6 Leucine Rich Repeat
XP_057804282.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 579 601 1.6e-62 194.6 Leucine Rich Repeat
XP_057804282.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 627 686 3.7e-55 184.3 Leucine rich repeat
XP_057804282.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 677 697 1.6e-62 194.6 Leucine Rich Repeat
XP_057804282.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 700 720 1.6e-62 194.6 Leucine Rich Repeat
XP_057804282.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 846 1113 1.9e-45 156.1 Protein kinase domain
XP_057804282.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 849 1115 5.6e-38 131.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948299.1
TTTACGCAGCTTTTGTTAGACCGACAGCATCTGCATTACTATAGTAAATTTATTCCCTTTTCTTCAACTCAAAGCAGCTTAGCTTCTTTAATATTGAAAAACAAACAAATCGCACATGTTCATTGTTCAGGCACGCTGATTCTTGCTCACAAGATCCATGAAAATTCATGCCAAAGAAACACACAATCCAACACAAAATAACACTTGATTCGAATTCTAAATCATCAACTTAACAAAACAAGCCTTACCAAAATGTTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019705
ATGTTTGTTCTGTTTCTTGGGTATATTCTGCTTCTTGTCCCGATCCCATCTGCTTCGCAGCCTCCAGCTGCGCTGCAGCTTCTCCGATTTCGAAACAGTCTGCCGGAGACTTCAAGATCTCTCCTGCAATGGAACCAAACCACCTCAGCTTCTGCTCACTGCAGCTGGCCTGGTGTTACTTGCTACTCAAATAAAACAGATTTTCGTGTCCAATCACTGATTGTACCTCAACTCGGCCTCACCGGGGTTCTAGAGGATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804282.1
MFVLFLGYILLLVPIPSASQPPAALQLLRFRNSLPETSRSLLQWNQTTSASAHCSWPGVTCYSNKTDFRVQSLIVPQLGLTGVLEDSFPYLCQISDLITVDLSANNFSGSVPAVVGNCGQLIEVFLYNNNLSGPIPPDVFRPGQLQRLDLGRNKLSGTIPPEVGQCKSLIYLGLDYNLLNGGIPSELFSITNLTNLYLSSNYFLNGTLPDFPSACSLVELQLPENSFHGPLPPSIRNCHDLQVLNASFNHLGGVIEQDIF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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