当前解析结果
SmilChr01G001655| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001655 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001655 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G001655 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 30608354 - 30613727 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131019716 |
|---|---|
| GeneID | 131019716 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019716 |
| 原始查询 | LOC131019716 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os10g0509000; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os10g0509000; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | AT5G54090 (AT5G54090)DNA mismatch repair protein MutS, type 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835495] identity=68.6; qcov=0.297; evalue=7.06e-08; confidence=weak |
| Rice | Os10g0509000- identity=68.6; qcov=0.297; evalue=4.81e-08; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019716 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.60000 | XP_057804292.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057804292.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057804292.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804292.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804292.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:30608651 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B114,D11 |
Chr1:30608651 |
A |
AC |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B114,D11 |
Chr1:30608679 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B114 |
Chr1:30608679 |
T |
TG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr1:30608711 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr1:30608726 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | A11,C60,D4,D9 |
Chr1:30608726 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | A11,C60,D4,D9 |
Chr1:30609284 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 23 | A1,A23,A7,B101,B11,B119,B124,B130,B67,B69,B72,B91,B98,C12,C14,C29,C3,C41,C42,C48,C57,C61,C75 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。