Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001002`

染色体: Chr04 坐标: 13895172-13896366 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001002`
名称	SmilChr04G001002
描述	non-specific lipid-transfer protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	13895172 - 13896366 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019742`
GeneID	`131019742`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019742`
原始查询	`LOC131019742`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	non-specific lipid-transfer protein 1-like
产物	non-specific lipid-transfer protein 1-like
Arabidopsis	`AT5G01870` (AT5G01870) Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831705] identity=41.4; qcov=0.879; evalue=1.35e-27; confidence=medium
Rice	`Os11g0115350` (LTP2-A) - identity=54.8; qcov=0.705; evalue=1.41e-30; confidence=medium
GO	GO:0006869 (lipid transport); GO:0008289 (lipid binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019742

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057804310.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057804310.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057804310.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804310.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804310.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:13895258`	`GAT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A15,B138,B80
`Chr4:13895258`	`GAT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A15,B138,B80
`Chr4:13895263`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	28	A2,A22,A3,A4,A9,B114,B117,B120,B121,B40,B54,B63,B78,C12,C15,C17,C30,C31,C4,C46,C52,C59,C63,C65,C73,C74,C85,D3
`Chr4:13895289`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B53
`Chr4:13895289`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804310.1

132 aa

132

LTP_2

Tryp_alpha_amyl

PF14368 LTP_2 26-119 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 44-128 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804310.1`	Pfam	`PF14368`	LTP_2	Family	26	119	3.1e-08	34.3	Probable lipid transfer
`XP_057804310.1`	Pfam	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	Domain	44	128	1e-11	45.6	Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948327.1
GCATACAGTGTATTAATTACACAAATATGTTTTTTCTTAATTAGTTTTTCTATCTAAAAAAACAATCTATATATATAAGCTAGCATGATAGCATCTCTACTTTTATTACATAATAGTACAAGAAAACAAAACTCCATAATGAATAAGGCAACATTTCTACTGCTCCTCGTGGCGGCGGCGGCAGTGGCGGCGGCGCCGCCGGCCAAGATCTCATGCGGCGAGGTCACAACCACATTGGCGCCGTGCTTCGAGTACGTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019742
ATGATAGCATCTCTACTTTTATTACATAATAGTACAAGAAAACAAAACTCCATAATGAATAAGGCAACATTTCTACTGCTCCTCGTGGCGGCGGCGGCAGTGGCGGCGGCGCCGCCGGCCAAGATCTCATGCGGCGAGGTCACAACCACATTGGCGCCGTGCTTCGAGTACGTGTTAGGCGGCGGCACGGTGCCGCTCAACTGCTGCGCGGGGGTTAAGTCGCTGTACAAGGCGGCGAGCACCACCGCCGACCGCCGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804310.1
MIASLLLLHNSTRKQNSIMNKATFLLLLVAAAAVAAAPPAKISCGEVTTTLAPCFEYVLGGGTVPLNCCAGVKSLYKAASTTADRRNVCVCLKSVTGSASAAAVRNAKSLPGKCGVSLPYEITPAIDCTKVK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器