Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001013`

染色体: Chr04 坐标: 14125125-14125916 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001013`
名称	SmilChr04G001013
描述	non-specific lipid-transfer protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	14125125 - 14125916 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019751`
GeneID	`131019751`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019751`
原始查询	`LOC131019751`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	non-specific lipid-transfer protein 1-like
产物	non-specific lipid-transfer protein 1-like
Arabidopsis	`AT3G51600` (LTP5) lipid transfer protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824323] identity=42.2; qcov=0.983; evalue=2.55e-23; confidence=medium
Rice	`Os11g0427800` (OsLTP1.14) - identity=46.1; qcov=0.771; evalue=7.41e-23; confidence=medium
GO	GO:0006869 (lipid transport); GO:0008289 (lipid binding); GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF00234 (Tryp_alpha_amyl); PF14368 (LTP_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019751

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057804320.1`
2	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057804320.1`
3	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057804320.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804320.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804320.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:14125231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B139,B98,C18,C22,C44
`Chr4:14125231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B139,B98,C18,C22,C44
`Chr4:14125316`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	A16,B105,B126,B27,B51,B54,B65,B84,B91,C2,C70,C9,D2,D8
`Chr4:14125322`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B129,C26
`Chr4:14125322`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B129,C26
`Chr4:14125384`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr4:14125402`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr4:14125501`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C76
`Chr4:14125501`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804320.1

118 aa

118

LTP_2

Tryp_alpha_amyl

PF14368 LTP_2 11-106 aa PF00234 Tryp_alpha_amyl 30-114 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804320.1`	Pfam	`PF14368`	LTP_2	Family	11	106	3.5e-08	34.2	Probable lipid transfer
`XP_057804320.1`	Pfam	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	Domain	30	114	3.9e-12	47.0	Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948337.1
ACTATTTAATCAATCAATCTCACGTTGTATTTGATCGGACTCGATTAAAATAAATAAATAAATTGCCAGCTGTTGAATATTTGAAAAATGCAGGTGAAAATTGAGTGGCAGATGCTAGTGTGCCTGGCTGTGATGGTTGCGCTATTGTCACCGCAATCAGAGGCCGTTGCATCGTGCGATCAGCTGCGGGGTAACCTAGGGTCGTGCCTAGGGTTTCTGCGCGGCGGCGTGATAACGTCTCAGTGCTGCAATGGGGTTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019751
ATGCAGGTGAAAATTGAGTGGCAGATGCTAGTGTGCCTGGCTGTGATGGTTGCGCTATTGTCACCGCAATCAGAGGCCGTTGCATCGTGCGATCAGCTGCGGGGTAACCTAGGGTCGTGCCTAGGGTTTCTGCGCGGCGGCGTGATAACGTCTCAGTGCTGCAATGGGGTTAGGGCGGTGGCGGCCTCCGCAAAAACCACCGCCGACCGCCACGCGGCCTGCCGGTGCTTGGTGGCGGCGGCTCAATCGATGCGTGGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804320.1
MQVKIEWQMLVCLAVMVALLSPQSEAVASCDQLRGNLGSCLGFLRGGVITSQCCNGVRAVAASAKTTADRHAACRCLVAAAQSMRGVIDLGNAARLPGRCGVNIPFQISPNTDCNRVG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器