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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001009

染色体: Chr04 坐标: 14090632-14094009 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001009
名称SmilChr04G001009
描述myosin-7-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向14090632 - 14094009 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019756
GeneID131019756
locus_tag-
NCBI NameLOC131019756
原始查询LOC131019756

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述myosin-7-like
产物myosin-7-like
ArabidopsisAT1G04600 (XIA)
myosin XI A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839480]
identity=56; qcov=1; evalue=2.29e-23; confidence=medium
RiceOs02g0816900 (OSMYOXIB)
-
identity=41; qcov=1.04; evalue=7.19e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019756

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057804324.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057804324.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057804324.1
4 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057804324.1
5 Spindle Spindle 0.20000 XP_057804324.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:14092202 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 4 B115,B53,B9,C54
Chr4:14092202 GT G 1bp_deletion CDS_variant 4 B115,B53,B9,C54
Chr4:14092230 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B138,B80,B9,C72
Chr4:14092491 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B74,C13,C17,C27
Chr4:14092510 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 12 B118,B30,B36,B86,C17,C30,C35,C5,C7,C75,C76,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100416.1
TCCGCCGCCGCGGTCGCCGAAGTTCCGGGGAGGAGCGCCGGCCTCGCCCGCTTTAATTTCTCCGCCTGAAACCCTAGGGCCCAGATCTAAACTCCACCCTCTTCGACCTAAAATTCTAACTTCCTTCCAAATCGTCTGCTCTCCACCCCGTCAAATTGTCTCTCTCAAACCAGTGAAGAAAACGCAAGAGAAAATCCTAACTTTCTTCCAAATCGGAATCCTCACTGCAGCGGTTGATGCCTCCGCCGACGAGCAGTTGT...
XM_057948341.1
TCCGCCGCCGCGGTCGCCGAAGTTCCGGGGAGGAGCGCCGGCCTCGCCCGCTTTAATTTCTCCGCCTGAAACCCTAGGGCCCAGATCTAAACTCCACCCTCTTCGACCTAAAATTCTAACTTCCTTCCAAATCGTCTGCTCTCCACCCCGTCAAATTGTCTCTCTCAAACCAGTGAAGAAAACGCAAGAGAAAATCCTAACTTTCTTCCAAATCGGAATCCTCACTGCAGCGGTTGATGCCTCCGCCGACGAGCAGTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019756
ATGGAGGCAGAGACAAAGATAATTAAGCTGAAGACCGAAATGCAGAGGCTTGAAGAGAAAATTTCTGACATGGAGACAGCAGATCAGGTTCTCCGTCGACAGGCTTTAATGAATAATCCTTCAGGGAAACTATCTGGGCATTTACCTTCAACTACTCATGAAGGGGAGAATGGTCATCAAGAACTTTTGAGTGCAGCACCAAGTAAAAGATTTGGTACTGAATCAGATAGCGCATTGAGGAAATCTACCATTGAAAGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804324.1
MEAETKIIKLKTEMQRLEEKISDMETADQVLRRQALMNNPSGKLSGHLPSTTHEGENGHQELLSAAPSKRFGTESDSALRKSTIERQRGKA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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