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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001069

染色体: Chr04 坐标: 15354434-15357042 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001069
名称SmilChr04G001069
描述uncharacterized SmilChr04G001069
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向15354434 - 15357042 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019797
GeneID131019797
locus_tag-
NCBI NameLOC131019797
原始查询LOC131019797

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=30.8; qcov=0.123; evalue=6.18e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019797

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057804364.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.60000 XP_057804364.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057804364.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057804364.1
5 P-body P-body 0.20000 XP_057804364.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:15354612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr4:15354629 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr4:15354632 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 19 A10,A18,B18,B23,B3,B41,B85,B87,B94,C1,C21,C43,C49,C54,C55,C68,C78,C8,D6
Chr4:15354645 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 17 B134,B135,B137,B15,B21,B41,B64,B66,B88,C12,C24,C26,C50,C56,C69,C7,D9
Chr4:15354670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B138,B45
Chr4:15354684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B89,D7
Chr4:15354685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,D10
Chr4:15354721 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B83,C76
Chr4:15354728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B48
Chr4:15354740 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr4:15354757 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B39,D11
Chr4:15354760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,A20,B91,C63,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948381.1
GCTGCCTTTCCCTTCACCATGACAGCAGAGGCGAACTCTTGGTTCGCGAGTCTTTCACCTTATTCTATCACTACATGGGCGGAGATGAAAAAGCTATTCCTGGAGCATTTTTTCCCTCCCACCAAGACGAATGCGCTGAAAAAAGAAATTAGTGGAGTGAAGCAGGAGTACGATGAGTCACTGAGCACATACTGGACTCGATTCAGGAGGTTGGTGGATAGCTGTCCAAACCACAAGTTTTCTGAGGGCGACTTGCTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019797
ATGACAGCAGAGGCGAACTCTTGGTTCGCGAGTCTTTCACCTTATTCTATCACTACATGGGCGGAGATGAAAAAGCTATTCCTGGAGCATTTTTTCCCTCCCACCAAGACGAATGCGCTGAAAAAAGAAATTAGTGGAGTGAAGCAGGAGTACGATGAGTCACTGAGCACATACTGGACTCGATTCAGGAGGTTGGTGGATAGCTGTCCAAACCACAAGTTTTCTGAGGGCGACTTGCTGCAATACTTCTACCAAGGGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804364.1
MTAEANSWFASLSPYSITTWAEMKKLFLEHFFPPTKTNALKKEISGVKQEYDESLSTYWTRFRRLVDSCPNHKFSEGDLLQYFYQGMTVDTKNLVNSSSGGAFSQNTVSEAKRLIQHLVEATREYEEPRIQLLKKAAQASSSDFEDKFEERMGRMERLLSTVVEKVANAGQPTEKPCGACGNFGHTSLQCAGGDRDLQAQVNSSHNFYSCSDPLHPLPKRDPYSSNYNAPWRDHPNDRWRDQSNQVQQQQQGYRPPHQRG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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