当前解析结果
SmilChr04G001101| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001101 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001101 |
| 描述 | protein FATTY ACID EXPORT 3, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 15766248 - 15769507 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131019812 |
|---|---|
| GeneID | 131019812 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019812 |
| 原始查询 | LOC131019812 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein FATTY ACID EXPORT 3, chloroplastic |
| 产物 | protein FATTY ACID EXPORT 3%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT2G38550 (AT2G38550)Transmembrane proteins 14C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818437] identity=49.1; qcov=0.975; evalue=7.65e-91; confidence=high |
| Rice | Os01g0821700- identity=44; qcov=0.794; evalue=8.94e-63; confidence=medium |
| GO | GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03647 (Tmemb_14) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019812 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057804400.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057804400.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.20000 | XP_057804400.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804400.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804400.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:15766515 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr4:15767093 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B58 |
Chr4:15767094 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B30,B81,C6 |
Chr4:15767130 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr4:15768070 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr4:15768226 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B110,C15 |
Chr4:15769040 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr4:15769084 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr4:15769151 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B119,B16 |
Chr4:15769153 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804400.1PF03647
Tmemb_14 208-283 aa
XP_057804401.1PF03647
Tmemb_14 208-304 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804400.1 |
Pfam | PF03647 |
Tmemb_14 | Family | 208 | 283 | 4.9e-14 | 53.5 | Transmembrane proteins 14C |
XP_057804401.1 |
Pfam | PF03647 |
Tmemb_14 | Family | 208 | 304 | 8.1e-16 | 59.2 | Transmembrane proteins 14C |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。