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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001101

染色体: Chr04 坐标: 15766248-15769507 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001101
名称SmilChr04G001101
描述protein FATTY ACID EXPORT 3, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向15766248 - 15769507 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019812
GeneID131019812
locus_tag-
NCBI NameLOC131019812
原始查询LOC131019812

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FATTY ACID EXPORT 3, chloroplastic
产物protein FATTY ACID EXPORT 3%2C chloroplastic
ArabidopsisAT2G38550 (AT2G38550)
Transmembrane proteins 14C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818437]
identity=49.1; qcov=0.975; evalue=7.65e-91; confidence=high
RiceOs01g0821700
-
identity=44; qcov=0.794; evalue=8.94e-63; confidence=medium
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF03647 (Tmemb_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019812

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057804400.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057804400.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057804400.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804400.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804400.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:15766515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:15767093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr4:15767094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,B81,C6
Chr4:15767130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:15768070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:15768226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C15
Chr4:15769040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr4:15769084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr4:15769151 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,B16
Chr4:15769153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804400.1
328 aa
N
1
164
328
Tmemb_14
C
PF03647 Tmemb_14 208-283 aa
XP_057804401.1
326 aa
N
1
163
326
Tmemb_14
C
PF03647 Tmemb_14 208-304 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804400.1 Pfam PF03647 Tmemb_14 Family 208 283 4.9e-14 53.5 Transmembrane proteins 14C
XP_057804401.1 Pfam PF03647 Tmemb_14 Family 208 304 8.1e-16 59.2 Transmembrane proteins 14C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948418.1
TAATTTCTTTATTTATTTTCGTAAGGATTTATTTCGAAATTAGAGAATAATTTAAAATTTAAAGAAACGGGTCGGATCTTTGGTGAACCAAATGCTGAAAGCGAGTCGGCCCGCTACCAGATTCAGTGGGGCCCGCCTTTCCCAATTTTTTTTTATTTTTTTTTCAAAATTAAAAATAGGCAGAGGCAATTCGTTCGTCGTCGGCGCACGTTAAATACAATACCTCTACCAACACTACTGTGTACCTTTCTGCGAGGTGC...
XM_057948417.1
TATTTTTTTTTCAAAATTAAAAATAGGCAGAGGCAATTCGTTCGTCGTCGGCGCACGTTAAATACAATACCTCTACCAACACTACTGTGTACCTTTCTGCGAGGTGCATCATACCAAAACCCTCTTCTCTCTAATTCCTACCTATACATACACATATACAAGCAATTCCATTCGCGAAATGAGCGTTAGATTGGAGTCCACCGCATTCATAAACCCTTATCCTACCTTGACTAGAGCTGCTTCGACTATGGCGCTTTGTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131019812
ATGAGCGTTAGATTGGAGTCCACCGCATTCATAAACCCTTATCCTACCTTGACTAGAGCTGCTTCGACTATGGCGCTTTGTCACGCGCCGCCGACCTCACTAGGGTTTGAAGGTTTGCTCAGAGCTAGAATCAATGGAAAATTGTCGCTTCCGCAGCTTCCGAGAGTGCTCGGAGTTAATCTACGGCAGAGGACTGTGAGGAATCGCACCGTTTTCTCCTTCGCTGCATCGCACGAGGAATCGAAGCCTTCAGATATTGG...
LOC131019812
ATGAGCGTTAGATTGGAGTCCACCGCATTCATAAACCCTTATCCTACCTTGACTAGAGCTGCTTCGACTATGGCGCTTTGTCACGCGCCGCCGACCTCACTAGGGTTTGAAGGTTTGCTCAGAGCTAGAATCAATGGAAAATTGTCGCTTCCGCAGCTTCCGAGAGTGCTCGGAGTTAATCTACGGCAGAGGACTGTGAGGAATCGCACCGTTTTCTCCTTCGCTGCATCGCACGAGGAATCGAAGCCTTCAGATATTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057804400.1
MSVRLESTAFINPYPTLTRAASTMALCHAPPTSLGFEGLLRARINGKLSLPQLPRVLGVNLRQRTVRNRTVFSFAASHEESKPSDIGIEKEKEDLKGRGQESEEAWQQALTSFKEQALKMQNTSKEAYELYSEKAFIILKETSEKLKIQAEKARLDLIEVAKETAEESKEYWATAAENSPEPVKEIVQTFSTSTDELNDVSKVRDFYVGIPYGALLSVGGFLSFMLTGSIPAIRFGIVLGGTLLALSIASLKSWKKGEPS...
XP_057804401.1
MSVRLESTAFINPYPTLTRAASTMALCHAPPTSLGFEGLLRARINGKLSLPQLPRVLGVNLRQRTVRNRTVFSFAASHEESKPSDIGIEKEKEDLKGRGQESEEAWQQALTSFKEQALKMQNTSKEAYELYSEKAFIILKETSEKLKIQAEKARLDLIEVAKETAEESKEYWATAAENSPEPVKEIVQTFSTSTDELNDVSKVRDFYVGIPYGALLSVGGFLSFMLTGSIPAIRFGIVLGGTLLALSIASLKSWKKGEPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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