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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001097

染色体: Chr04 坐标: 15702344-15703217 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001097
名称SmilChr04G001097
描述uncharacterized SmilChr04G001097
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向15702344 - 15703217 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019822
GeneID131019822
locus_tag-
NCBI NameLOC131019822
原始查询LOC131019822

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF599) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834336]; symbol=AT5G43180; hit=AT5G43180; species=arabidopsis; confidence=high
产物transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF599) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834336]; symbol=AT5G43180; hit=AT5G43180; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G43180 (AT5G43180)
transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF599) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834336]
identity=50; qcov=1.01; evalue=1.39e-68; confidence=high
RiceOs09g0494600
-
identity=33.8; qcov=0.991; evalue=2.19e-36; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF04654 (DUF599)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019822

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804417.1
2 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057804417.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057804417.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804417.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804417.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:15702432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B5
Chr4:15702569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr4:15702692 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:15702730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr4:15702784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr4:15702910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,D7
Chr4:15702938 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C2,C35
Chr4:15703077 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 19 B10,B106,B124,B130,B52,B53,B66,B79,B82,C39,C53,C75,C79,C80,C81,C87,D10,D11,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804417.1
227 aa
N
1
114
227
DUF599
C
PF04654 DUF599 17-220 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804417.1 Pfam PF04654 DUF599 Family 17 220 2.2e-49 168.5 Protein of unknown function, DUF599

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948434.1
ATGCTTGCTTTATTGAATATGATAAGTGACAAAGAAATCCACTCCTATACTTGAGTGGAAATCCTACGCCCAAATCCAATAGCGACAACACATACAAATTTAGGAGATATCGAAGTCGATGAGCATAATCGAGAGAGAGATGGGAAGCATCGTGTACATGGAGAGCATAATAGTGCCGATGAGCCTCTTCCTAACCATGGGCTACCACGCTTATCTATGGCACAAGCTCAAAACCAAGCCGTCGCAAACCACCATCGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019822
ATGAGCATAATCGAGAGAGAGATGGGAAGCATCGTGTACATGGAGAGCATAATAGTGCCGATGAGCCTCTTCCTAACCATGGGCTACCACGCTTATCTATGGCACAAGCTCAAAACCAAGCCGTCGCAAACCACCATCGGCCTCAACATCCTCAAGCGCCGCGCCTGGCTGCGGGAGCTCCACCAGGGCGACGACAAGAAGGGCATGCTCGCCGTCCAGAGCCTCCGCAACACCCTCATGTTCGCCATCCTCACCGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804417.1
MSIIEREMGSIVYMESIIVPMSLFLTMGYHAYLWHKLKTKPSQTTIGLNILKRRAWLRELHQGDDKKGMLAVQSLRNTLMFAILTATVTVIVTLCLAALTNNALGAAGMLGAGVFGSQSPRIVVLKYASASIFLLASFLCSSLAVGFLVDANFLINAIGEFAAGGGYTEAVVERGFAMAVAGNRVLCMALPLLLWLFGPLPVALSSAAIVWGLYELDFVASLSRVAV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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