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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001109

染色体: Chr04 坐标: 15924231-15929789 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001109
名称SmilChr04G001109
描述B3 domain-containing transcription repressor VAL2-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向15924231 - 15929789 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019832
GeneID131019832
locus_tag-
NCBI NameLOC131019832
原始查询LOC131019832

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述B3 domain-containing transcription repressor VAL2-like
产物B3 domain-containing transcription repressor VAL2-like
ArabidopsisAT4G32010 (HSL1)
HSI2-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829332]
identity=50.6; qcov=0.901; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0679700 (OsVAL2)
-
identity=50.7; qcov=0.971; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF02362 (B3); PF07496 (zf-CW); PF25813 (zf_VAL1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019832

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804424.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804424.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804424.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804424.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057804424.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:15925190 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B64
Chr4:15925898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C29
Chr4:15926040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B61,B8,C58
Chr4:15926064 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C21
Chr4:15926066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr4:15926090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,C9
Chr4:15926099 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C64
Chr4:15926099 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C64
Chr4:15926340 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 22 A15,A21,B104,B106,B119,B123,B134,B140,B2,B22,B33,B41,B47,B57,B76,B87,C13,C21,C24,C46,C50,C9
Chr4:15926361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B21,B35,B41,D6
Chr4:15926409 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B17
Chr4:15926433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B68,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804424.1
880 aa
N
1
440
880
zf_VAL1_N
B3
zf-CW
C
PF25813 zf_VAL1_N 49-94 aa PF02362 B3 305-404 aa PF07496 zf-CW 573-615 aa
XP_057804425.1
879 aa
N
1
440
879
zf_VAL1_N
B3
zf-CW
C
PF25813 zf_VAL1_N 49-94 aa PF02362 B3 305-404 aa PF07496 zf-CW 572-614 aa
XP_057804426.1
783 aa
N
1
392
783
B3
zf-CW
C
PF02362 B3 208-307 aa PF07496 zf-CW 476-518 aa
XP_057804427.1
746 aa
N
1
373
746
B3
zf-CW
C
PF02362 B3 171-270 aa PF07496 zf-CW 439-481 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804424.1 Pfam PF25813 zf_VAL1_N Domain 49 94 3.2e-22 78.9 VAL1-like, N-terminal zinc finger domain
XP_057804424.1 Pfam PF02362 B3 Domain 305 404 4.9e-16 59.2 B3 DNA binding domain
XP_057804424.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 573 615 1.1e-08 35.6 CW-type Zinc Finger
XP_057804425.1 Pfam PF25813 zf_VAL1_N Domain 49 94 3.2e-22 78.9 VAL1-like, N-terminal zinc finger domain
XP_057804425.1 Pfam PF02362 B3 Domain 305 404 4.9e-16 59.2 B3 DNA binding domain
XP_057804425.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 572 614 1.1e-08 35.6 CW-type Zinc Finger
XP_057804426.1 Pfam PF02362 B3 Domain 208 307 4.4e-16 59.4 B3 DNA binding domain
XP_057804426.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 476 518 4.2e-09 37.0 CW-type Zinc Finger
XP_057804427.1 Pfam PF02362 B3 Domain 171 270 4e-16 59.5 B3 DNA binding domain
XP_057804427.1 Pfam PF07496 zf-CW Domain 439 481 4.3e-09 37.0 CW-type Zinc Finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948441.1
AAGGCAATGATGATTGCTTCAACACAAAAACAGAGAGTGCGAAAGCGTTTTCTCATTTCTGGACTTGAATTACAAACATCCGCCGCATTCCCTTTCTCTAGCCTCGTCAGCCTTCCTTCCTCACCCCCTCAACTGCGGCGCCGCGCCACTCATCCCCGCCGGCGACTAGCAGCAGGCCGACGCAGCAGCAGCAGACCAGCGCCACTGCCGGCTTCTCCTCCGCCGCCAAGATTGACGACGGCGCCGACTAGCAGCAGACC...
XM_057948442.1
AAGGCAATGATGATTGCTTCAACACAAAAACAGAGAGTGCGAAAGCGTTTTCTCATTTCTGGACTTGAATTACAAACATCCGCCGCATTCCCTTTCTCTAGCCTCGTCAGCCTTCCTTCCTCACCCCCTCAACTGCGGCGCCGCGCCACTCATCCCCGCCGGCGACTAGCAGCAGGCCGACGCAGCAGCAGCAGACCAGCGCCACTGCCGGCTTCTCCTCCGCCGCCAAGATTGACGACGGCGCCGACTAGCAGCAGACC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131019832
ATGGAGGGTGGAGTGTGCATGAATGGGATTTGCGGTTCATCCAGCTCGGTGGAATGGAAAAAGGGTTGGCCCTTGCGATCCGGTGGCTTTGCTACTCTCTGTCATAATTGCGGGACTGCATATAAAGATTTGGTCTTCTGCGAAACGTTCCATTCAGAGGAAACAGGTTGGAGGGAGTGCACTTCGTGTGGGAAGCGTCTTCATTGTGGATGCATTGCTTCCAGTACATTGCTGGAGCTACTCGACACTGGTGGGGTGAA...
LOC131019832
ATGGAGGGTGGAGTGTGCATGAATGGGATTTGCGGTTCATCCAGCTCGGTGGAATGGAAAAAGGGTTGGCCCTTGCGATCCGGTGGCTTTGCTACTCTCTGTCATAATTGCGGGACTGCATATAAAGATTTGGTCTTCTGCGAAACGTTCCATTCAGAGGAAACAGGTTGGAGGGAGTGCACTTCGTGTGGGAAGCGTCTTCATTGTGGATGCATTGCTTCCAGTACATTGCTGGAGCTACTCGACACTGGTGGGGTGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057804424.1
MEGGVCMNGICGSSSSVEWKKGWPLRSGGFATLCHNCGTAYKDLVFCETFHSEETGWRECTSCGKRLHCGCIASSTLLELLDTGGVNCTGCSKSCLRPYTPLEEKHKACGLSTENGTDRNSERIVPAQSGDDAKMDCQENLLPSPNANVTSRKLEDELASPEGIGYKLLSSSNQSPVGPSKNYDMFQESKSLHKSLVETNLSISLSASSNSNTLSGMMAEERQLNTAISSFQQGCRPRHLLPRVPTILAAGLETNSSSIS...
XP_057804425.1
MEGGVCMNGICGSSSSVEWKKGWPLRSGGFATLCHNCGTAYKDLVFCETFHSEETGWRECTSCGKRLHCGCIASSTLLELLDTGGVNCTGCSKSCLRPYTPLEEKHKACGLSTENGTDRNSERIVPAQSGDDAKMDCQENLLPSPNANVTSRKLEDELASPEGIGYKLLSSSNQSPVGPSKNYDMFQESKSLHKSLVETNLSISLSASSNSNTLSGMMAEERQLNTAISSFQQGCRPRHLLPRVPTILAAGLETNSSSIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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