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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001146

染色体: Chr04 坐标: 16887350-16894075 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001146
名称SmilChr04G001146
描述leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向16887350 - 16894075 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019846
GeneID131019846
locus_tag-
NCBI NameLOC131019846
原始查询LOC131019846

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1
产物leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1
ArabidopsisAT5G49760 (AT5G49760)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835039]
identity=60.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0210400
-
identity=56.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019846

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804439.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804439.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804439.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804439.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804439.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:16888964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:16889500 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:16889519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C75
Chr4:16890096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C13
Chr4:16890264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr4:16891017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B117
Chr4:16891068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr4:16892786 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C48
Chr4:16892786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr4:16893231 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:16893275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr4:16893387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804439.1
953 aa
N
1
476
953
LRRNT_2
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 28-63 aa PF00560 LRR_1 140-161 aa PF00069 Pkinase 632-898 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 635-899 aa
XP_057804440.1
928 aa
N
1
464
928
LRRNT_2
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 5-38 aa PF00560 LRR_1 115-136 aa PF00069 Pkinase 607-873 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 610-874 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804439.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 28 63 0.00047 21.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057804439.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 140 161 1.8e-19 66.4 Leucine Rich Repeat
XP_057804439.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 632 898 1.8e-45 156.1 Protein kinase domain
XP_057804439.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 635 899 1.1e-46 160.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057804440.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 5 38 0.00061 20.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057804440.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 115 136 1.3e-19 66.8 Leucine Rich Repeat
XP_057804440.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 607 873 1.7e-45 156.2 Protein kinase domain
XP_057804440.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 610 874 1e-46 160.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948456.1
TACCATTTTTTTTAACACAAAAAAAATAAAAAATGGATGGTGGGAGCTGGTAAGAAAAAGTCGAGGATTTGTAAGTTGATAGGAACTCAAACTCTTTGAAGAGCCAGTCAATGTTGTGAAACATGTCAACTTGTGAAAGTCTCTATACACATTCCATTCGAGCATCCAAACCAAAGTTTATAGTCTGTCTACATTAGTTTTTTGCTGTTGTGTAATAATTTGGAATAATGGTTGGGAAAATTTATCTCTCAATCTCATTG...
XM_057948457.1
ATGGATGGTGGGAGCTGGTAAGAAAAAGTCGAGGATTTGTAAGTTGATAGGAACTCAAACTCTTTGAAGAGCCAGTCAATGTTGTGAAACATGTCAACTTGTGAAAGTCTCTATACACATTCCATTCGAGCATCCAAACCAAAGTTTATAGTCTGTCTACATTAGTTTTTTGCTGTTGTGTAATAATTTGGAATAATGGTTGGGAAAATTTATCTCTCAATCTCATTGCTGGTTGTCTCGCTCCAAGTGTTGGATACAGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131019846
ATGGTTGGGAAAATTTATCTCTCAATCTCATTGCTGGTTGTCTCGCTCCAAGTGTTGGATACAGCAGCGTTGACGGATAGCGGTGATTTTGCGGGGCTGCATGCTCTGAAAAGCAGCTGGAAAAACACGCCACCAAATTGGGAAGGGCCTGATCCTTGCGGAGATGGTTGGGAAGGAATTAGCTGCACTAACAATCGCGTTGTGTCTATTACATTAGCCAACATCAACTTAAGTGGCCAGCTATCATCAGACATTGCCAA...
LOC131019846
ATGATATGTGAAGTTGCGGGGCTGCATGCTCTGAAAAGCAGCTGGAAAAACACGCCACCAAATTGGGAAGGGCCTGATCCTTGCGGAGATGGTTGGGAAGGAATTAGCTGCACTAACAATCGCGTTGTGTCTATTACATTAGCCAACATCAACTTAAGTGGCCAGCTATCATCAGACATTGCCAAATTATCAGAGCTGCAGACACTGGATTTGTCATACAACAAAGGCATGACCGGACCTCTTCCTCAAGCGATAGGAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057804439.1
MVGKIYLSISLLVVSLQVLDTAALTDSGDFAGLHALKSSWKNTPPNWEGPDPCGDGWEGISCTNNRVVSITLANINLSGQLSSDIAKLSELQTLDLSYNKGMTGPLPQAIGNVKKLSSLILVGCGFSGPIPSSIGSLQELVYLSLNSNGFIGEIPPTIGKLSKLYWLDLADNRLSGTIPVSDGNSPGLDMLLDTKHFHFGKNQLSGEIPSQLFNSNLTLIHLLLENNLLTGGIPSTLGLVKSLEVVRLDRNSLSGPVPEN...
XP_057804440.1
MICEVAGLHALKSSWKNTPPNWEGPDPCGDGWEGISCTNNRVVSITLANINLSGQLSSDIAKLSELQTLDLSYNKGMTGPLPQAIGNVKKLSSLILVGCGFSGPIPSSIGSLQELVYLSLNSNGFIGEIPPTIGKLSKLYWLDLADNRLSGTIPVSDGNSPGLDMLLDTKHFHFGKNQLSGEIPSQLFNSNLTLIHLLLENNLLTGGIPSTLGLVKSLEVVRLDRNSLSGPVPENLNNLTNVQELFLANNKLTGVLPNLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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