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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001138

染色体: Chr04 坐标: 16736893-16749518 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001138
名称SmilChr04G001138
描述enhancer of polycomb-like protein 1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向16736893 - 16749518 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019847
GeneID131019847
locus_tag-
NCBI NameLOC131019847
原始查询LOC131019847

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述enhancer of polycomb-like protein 1
产物enhancer of polycomb-like protein 1
ArabidopsisAT1G79020 (AT1G79020)
Enhancer of polycomb-like transcription factor protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844243]
identity=68.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0338900
-
identity=60.9; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
GOGO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0032777 (piccolo histone acetyltransferase complex)
KEGGsmil03082 (ATP-dependent chromatin remodeling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF10513 (EPL1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019847

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804441.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057804441.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804441.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804441.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804441.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:16748777 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C82
Chr4:16748777 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804441.1
451 aa
N
1
226
451
EPL1
C
PF10513 EPL1 39-134 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804441.1 Pfam PF10513 EPL1 Family 39 134 5.2e-10 40.9 Enhancer of polycomb-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948458.1
GCACTCATCAACTCGTGGACGGCTCTGATCCATTATTCGAATCCAATGGCTCTTAAATTCGTCTCTTTGACTTCCTTCTTTGTTTCGAAAGCTGACGCCCATTATTATTTCCTTCAAGATCGCCTCTTTTATCCTTCTTGAGCCCTAATCCCCTTCTCCCTCGTATGCTTCTTCAATTCCAGAGTTTGGGGACACAACAGCAGATTCAAGTAAAGCGTGTCTCAGTGGGACAATTGGTGGCATATACAGTAAAGAGTAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019847
ATGACTAGACTCTCATTTAGGCCTCGACCGCTCGACATTAACAAGAAGCTTCCCATTGTAAAATCTGTTAAGGACTTTGAGGATGATGACGTTCCAACTTCCACTCGTAACTCCCAGATACTCCGTCTCGCAGCAGAAGCTGATAATGAGGTCCAACAAGTATCTGCCAAGAAAGTTGCGTCAGAGATACCAACTCCTGAGTTTGTGGTTGTGGATACATATGAAAGGGACTACTCTCGTACATTTAGTCAACCAATGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804441.1
MTRLSFRPRPLDINKKLPIVKSVKDFEDDDVPTSTRNSQILRLAAEADNEVQQVSAKKVASEIPTPEFVVVDTYERDYSRTFSQPMSYLRARGARAEIGEFVEYDLDNEDEDWLEEFNNERKNLVAEKLETIIFKLEVLDHRAREKAGVITPTLSSPIPVLLTFDAAVEALQSLSIEYGVFRAIYSYWKEKRERWQKPVLRRLQPPPPSNDTNPYNVFRPREKAHKLHTRRMQRRENNVQSFEKLRQVRRNLDQAKTILE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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