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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001153

染色体: Chr04 坐标: 17005734-17013027 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001153
名称SmilChr04G001153
描述uncharacterized SmilChr04G001153
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向17005734 - 17013027 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019852
GeneID131019852
locus_tag-
NCBI NameLOC131019852
原始查询LOC131019852

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述yacP-like NYN domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814772]; symbol=AT2G02410; hit=AT2G02410; species=arabidopsis; confidence=high
产物yacP-like NYN domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814772]; symbol=AT2G02410; hit=AT2G02410; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G02410 (AT2G02410)
yacP-like NYN domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814772]
identity=74.2; qcov=0.886; evalue=1.52e-115; confidence=high
RiceOs03g0843200
-
identity=63.2; qcov=0.233; evalue=3.99e-19; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF05991 (NYN_YacP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019852

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057804451.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057804453.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804451.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804451.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804451.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:17007380 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B83
Chr4:17007380 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B83
Chr4:17007438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr4:17012410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:17012800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:17012828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804451.1
292 aa
N
1
146
292
NYN_YacP
C
PF05991 NYN_YacP 117-282 aa
XP_057804452.1
292 aa
N
1
146
292
NYN_YacP
C
PF05991 NYN_YacP 117-282 aa
XP_057804453.1
261 aa
N
1
130
261
NYN_YacP
C
PF05991 NYN_YacP 117-257 aa
XP_057804454.1
245 aa
N
1
122
245
NYN_YacP
C
PF05991 NYN_YacP 117-242 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804451.1 Pfam PF05991 NYN_YacP Domain 117 282 5.1e-42 144.4 YacP-like NYN domain
XP_057804452.1 Pfam PF05991 NYN_YacP Domain 117 282 5.1e-42 144.4 YacP-like NYN domain
XP_057804453.1 Pfam PF05991 NYN_YacP Domain 117 257 1.6e-38 133.0 YacP-like NYN domain
XP_057804454.1 Pfam PF05991 NYN_YacP Domain 117 242 1.6e-35 123.3 YacP-like NYN domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100490.1
AGAAACTATATCATTTATATAATGAAACAATATGTGGAATGAAACTATATTACTTATATAATGAAACAATGCAAGTTAAAACTACAAGAATTAGAATGAAACTATATCATTTATATAATGAAACAATGCACGTTAAAACTACAACAATTGGAATGAAACTATAACATTTATATAATGAAACAATCACTATTATGACATCGTCGAAGCCTGATCCGCCACGGTTAAAGTCACCGGCGACTGCCACAAGCCGTGCACCGTCT...
XM_057948469.1
AGAAACTATATCATTTATATAATGAAACAATATGTGGAATGAAACTATATTACTTATATAATGAAACAATGCAAGTTAAAACTACAAGAATTAGAATGAAACTATATCATTTATATAATGAAACAATGCACGTTAAAACTACAACAATTGGAATGAAACTATAACATTTATATAATGAAACAATCACTATTATGACATCGTCGAAGCCTGATCCGCCACGGTTAAAGTCACCGGCGACTGCCACAAGCCGTGCACCGTCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131019852
ATGAAACCTATAGCACCCACTTCATCATCAACAGCTCTGCCATTATATCGTTGCTGCTGTTATCCATCCAATATTGTGGCCAAGAAGGGTAAGACATCACAAACACCTTCTCCTCAGGGTTCAGAGCCAACACCTCCAAGAATTACATCAAATGTGAAGCAGAATTTGCAGTTCTTAAAATTATGGAAGGAGTTCAGAAAGAGAAATTCCAATACTCCGAAGCCGGCTACTAGCTACCGGAGGAAAAGAGTGGAGAAGGA...
LOC131019852
ATGAAACCTATAGCACCCACTTCATCATCAACAGCTCTGCCATTATATCGTTGCTGCTGTTATCCATCCAATATTGTGGCCAAGAAGGGTAAGACATCACAAACACCTTCTCCTCAGGGTTCAGAGCCAACACCTCCAAGAATTACATCAAATGTGAAGCAGAATTTGCAGTTCTTAAAATTATGGAAGGAGTTCAGAAAGAGAAATTCCAATACTCCGAAGCCGGCTACTAGCTACCGGAGGAAAAGAGTGGAGAAGGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057804451.1
MKPIAPTSSSTALPLYRCCCYPSNIVAKKGKTSQTPSPQGSEPTPPRITSNVKQNLQFLKLWKEFRKRNSNTPKPATSYRRKRVEKDVMPEDTELYRDPTLSLYYTNQGIETAIPVLLVDGYNVCGYWAKLKKHFMNGRLDIARQKLVDELVTFSMMREVKVVVVFDAMMSGLPTHKESFAGIDIVFSAETCADAWIEKEVVALKDDGCPKVWVATSDHLQQNAANGAGAFVWSSKALVTEIKASQKELEEMLIDHRSTS...
XP_057804452.1
MKPIAPTSSSTALPLYRCCCYPSNIVAKKGKTSQTPSPQGSEPTPPRITSNVKQNLQFLKLWKEFRKRNSNTPKPATSYRRKRVEKDVMPEDTELYRDPTLSLYYTNQGIETAIPVLLVDGYNVCGYWAKLKKHFMNGRLDIARQKLVDELVTFSMMREVKVVVVFDAMMSGLPTHKESFAGIDIVFSAETCADAWIEKEVVALKDDGCPKVWVATSDHLQQNAANGAGAFVWSSKALVTEIKASQKELEEMLIDHRSTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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