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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001672

染色体: Chr01 坐标: 30849307-30850327 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001672
名称SmilChr01G001672
描述uncharacterized SmilChr01G001672
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向30849307 - 30850327 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019869
GeneID131019869
locus_tag-
NCBI NameLOC131019869
原始查询LOC131019869

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述enabled-like protein (DUF1635) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832357]; symbol=AT5G22930; hit=AT5G22930; species=arabidopsis; confidence=medium
产物enabled-like protein (DUF1635) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832357]; symbol=AT5G22930; hit=AT5G22930; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G22930 (AT5G22930)
enabled-like protein (DUF1635) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832357]
identity=44.7; qcov=0.849; evalue=5.7e-46; confidence=medium
RiceOs05g0115100 (OJ1654_B10.11-2)
-
identity=34.9; qcov=0.741; evalue=7.16e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF07795 (DUF1635)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019869

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804460.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057804460.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804460.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804460.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804460.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:30849900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,C83,D7
Chr1:30849933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr1:30850007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B138,C17,C46,D5
Chr1:30850038 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B55
Chr1:30850038 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 B55
Chr1:30850050 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:30850072 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B137,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804460.1
232 aa
N
1
116
232
DUF1635
C
PF07795 DUF1635 17-227 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804460.1 Pfam PF07795 DUF1635 Family 17 227 9e-56 190.0 Protein of unknown function (DUF1635)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948477.1
CAACAAGTCGTTATTATAAAAGAAGCAGAAATGAGTTCCCAACCCCACATTATCTCATTTGTAAATTAAGGAAAGATATATTCATGGATTTTGATGATCACGCTCTCAACTCCACCTATTTTCACCAACAAAAGCAATTGCTTGTGCTAAGCATGGAGCTGCAAGAAACCAGGCTCCGAGCAGAGGAAGACCTCAAATCGCGCGACGCCCAAATCCTCCGCCTCAAGGAGCTGCTCGCCGCCGCCGTCAAAGAACGCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019869
ATGGATTTTGATGATCACGCTCTCAACTCCACCTATTTTCACCAACAAAAGCAATTGCTTGTGCTAAGCATGGAGCTGCAAGAAACCAGGCTCCGAGCAGAGGAAGACCTCAAATCGCGCGACGCCCAAATCCTCCGCCTCAAGGAGCTGCTCGCCGCCGCCGTCAAAGAACGCGACGAAGCTCGAGACAACTGCAAGAGAATCTTGTTCGAGAAGCTTCTGCTCCACCAATCAGCTCCCAATTCCGCCATTTCCAGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804460.1
MDFDDHALNSTYFHQQKQLLVLSMELQETRLRAEEDLKSRDAQILRLKELLAAAVKERDEARDNCKRILFEKLLLHQSAPNSAISSIEEDDPTRGIDSANAFSSSDCDESIASSPQRLPPPPEFPLAIKGPLPEKGKLLQAVVRAGPLLQTLLLAGSLPQWRHPPPPVDPYQIPPPPVAVPPTSTLPALPPHFLRHGDDIGTVNDWTGAKRGPPEISNWSNEFKRQRTDVLI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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