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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001178

染色体: Chr04 坐标: 17836516-17838037 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001178
名称SmilChr04G001178
描述uncharacterized SmilChr04G001178
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向17836516 - 17838037 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019881
GeneID131019881
locus_tag-
NCBI NameLOC131019881
原始查询LOC131019881

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019881

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057804461.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057804461.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804461.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804461.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804461.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:17836625 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 2 C44,D6
Chr4:17836625 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 2 C44,D6
Chr4:17836717 G GAA 2bp_insertion frameshift_variant 44 A21,A22,A3,B1,B11,B114,B121,B138,B15,B18,B21,B37,B40,B46,B48,B51,B57,B6,B65,B72,B73,B82,B89,B94,C1,C14,C15,C35,C4,C42,C51,C53,C57,C63,C70,C71,C75,C77,C78,C80,C82,C85,D3,D4
Chr4:17836740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C30
Chr4:17836996 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 20 B1,B100,B111,B119,B23,B3,B30,B37,B41,B44,B48,B58,B70,B91,C15,C25,C46,C62,C71,C80
Chr4:17837008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B17
Chr4:17837026 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr4:17837031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B68,C86,D4
Chr4:17837033 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,C1,C3,C82
Chr4:17837039 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 49 A14,A15,A16,A18,A23,A5,A7,A9,B112,B114,B115,B123,B21,B25,B26,B40,B47,B6,B63,B68,B75,B76,B80,B83,B84,B88,B89,B9,B93,B94,C14,C16,C2,C21,C26,C33,C36,C37,C4,C45,C48,C58,C79,C84,C85,C9,D2,D3,D9
Chr4:17837045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:17837047 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B39,B40,B5,B67,B68,C49,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100525.1
ACGGTTTTTTTCAAAAACCGTTATCTATGAGCGCACTTTTAGTAATAGATAACGGTTTTGCAAAAATCTGTTATCTATGTAGTGTTGTCTATATGCATAGATAACGGTTTCAATTAATTCGTTATGTTTTTGCGTTATCTATTAGTTACATACATAACGGTATTACAAACCGTTAAGCCGACCGTTATCTATGTGCGTATTTTTAAACTTTTACATAACGATTATTGAAACCGTTAAGAAAAAGTGTTATGTATGCCATT...
XM_057948478.1
ACGGTTTTTTTCAAAAACCGTTATCTATGAGCGCACTTTTAGTAATAGATAACGGTTTTGCAAAAATCTGTTATCTATGTAGTGTTGTCTATATGCATAGATAACGGTTTCAATTAATTCGTTATGTTTTTGCGTTATCTATTAGTTACATACATAACGGTATTACAAACCGTTAAGCCGACCGTTATCTATGTGCGTATTTTTAAACTTTTACATAACGATTATTGAAACCGTTAAGAAAAAGTGTTATGTATGCCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019881
ATGGCTCCGGCGAGGTTGGCTGCTGCTGCCTGTGAAGTTGGCGAGGCCAATGCTATTTGGCACCGTCACCGTTGGGGCTGGGTCCAACAGTTGCGGAAGCCCCACCGTCTCTGTATCTCCCTCTCTCCATCGCTCTCTCTAACACCGTCAAAAGATAATGAGAAAGCAGATGAGCTAACTTTTGGAGGGAGCACTCTAGGACATAGCAATAGTGAAAACTGCATCCAATCGTTCTTGCTACTCTTTGTAAGTCAAAATTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804461.1
MAPARLAAAACEVGEANAIWHRHRWGWVQQLRKPHRLCISLSPSLSLTPSKDNEKADELTFGGSTLGHSNSENCIQSFLLLFVSQNYSFSMIRYFVELNLRLRVKLE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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