当前解析结果
SmilChr04G001178| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001178 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001178 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr04G001178 |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 17836516 - 17838037 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131019881 |
|---|---|
| GeneID | 131019881 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131019881 |
| 原始查询 | LOC131019881 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131019881 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057804461.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057804461.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804461.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804461.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057804461.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:17836625 |
A |
AAG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C44,D6 |
Chr4:17836625 |
A |
AAG |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | C44,D6 |
Chr4:17836717 |
G |
GAA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 44 | A21,A22,A3,B1,B11,B114,B121,B138,B15,B18,B21,B37,B40,B46,B48,B51,B57,B6,B65,B72,B73,B82,B89,B94,C1,C14,C15,C35,C4,C42,C51,C53,C57,C63,C70,C71,C75,C77,C78,C80,C82,C85,D3,D4 |
Chr4:17836740 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,C30 |
Chr4:17836996 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 20 | B1,B100,B111,B119,B23,B3,B30,B37,B41,B44,B48,B58,B70,B91,C15,C25,C46,C62,C71,C80 |
Chr4:17837008 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,B17 |
Chr4:17837026 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr4:17837031 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B115,B68,C86,D4 |
Chr4:17837033 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B15,C1,C3,C82 |
Chr4:17837039 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 49 | A14,A15,A16,A18,A23,A5,A7,A9,B112,B114,B115,B123,B21,B25,B26,B40,B47,B6,B63,B68,B75,B76,B80,B83,B84,B88,B89,B9,B93,B94,C14,C16,C2,C21,C26,C33,C36,C37,C4,C45,C48,C58,C79,C84,C85,C9,D2,D3,D9 |
Chr4:17837045 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr4:17837047 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | B39,B40,B5,B67,B68,C49,D2 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。