Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001674

染色体: Chr01 坐标: 30882641-30885031 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001674
名称SmilChr01G001674
描述E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向30882641 - 30885031 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019895
GeneID131019895
locus_tag-
NCBI NameLOC131019895
原始查询LOC131019895

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34-like
产物E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34-like
ArabidopsisAT5G22920 (AT5G22920)
CHY-type/CTCHY-type/RING-type Zinc finger protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832356]
identity=71; qcov=0.915; evalue=6.91e-140; confidence=high
RiceOs10g0456800 (DCA1)
-
identity=69.4; qcov=0.901; evalue=6.08e-137; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGGsmil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF05495 (zf-CHY); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF14599 (zinc_ribbon_6); PF14634 (zf-RING_5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019895

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804485.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057804485.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804485.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804485.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804485.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:30882888 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B123,B85,C9
Chr1:30882890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr1:30882972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B62,C7,C74
Chr1:30883107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C13
Chr1:30883274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C10,C79
Chr1:30883915 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C13
Chr1:30883915 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C13
Chr1:30884329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804485.1
296 aa
N
1
148
296
zf-CHY
zf-RING_2
zf-RING_5
zf-RING_UBOX
zinc_ribbon_6
C
PF05495 zf-CHY 46-120 aa PF13639 zf-RING_2 181-224 aa PF14634 zf-RING_5 181-226 aa PF13445 zf-RING_UBOX 182-222 aa PF14599 zinc_ribbon_6 230-287 aa
XP_057804494.1
283 aa
N
1
142
283
zf-CHY
zf-RING_2
zf-RING_5
zf-RING_UBOX
zinc_ribbon_6
C
PF05495 zf-CHY 33-107 aa PF13639 zf-RING_2 168-211 aa PF14634 zf-RING_5 168-213 aa PF13445 zf-RING_UBOX 169-209 aa PF14599 zinc_ribbon_6 217-274 aa
XP_057804500.1
283 aa
N
1
142
283
zf-CHY
zf-RING_2
zf-RING_5
zf-RING_UBOX
zinc_ribbon_6
C
PF05495 zf-CHY 33-107 aa PF13639 zf-RING_2 168-211 aa PF14634 zf-RING_5 168-213 aa PF13445 zf-RING_UBOX 169-209 aa PF14599 zinc_ribbon_6 217-274 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804485.1 Pfam PF05495 zf-CHY Domain 46 120 1.3e-18 67.9 CHY zinc finger
XP_057804485.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 181 224 1.4e-07 32.3 Ring finger domain
XP_057804485.1 Pfam PF14634 zf-RING_5 Domain 181 226 2.2e-06 28.3 zinc-RING finger domain
XP_057804485.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 182 222 1.8e-06 28.5 RING-type zinc-finger
XP_057804485.1 Pfam PF14599 zinc_ribbon_6 Domain 230 287 4.9e-27 94.4 Zinc-ribbon
XP_057804494.1 Pfam PF05495 zf-CHY Domain 33 107 1.3e-18 67.9 CHY zinc finger
XP_057804494.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 168 211 1.3e-07 32.5 Ring finger domain
XP_057804494.1 Pfam PF14634 zf-RING_5 Domain 168 213 2e-06 28.4 zinc-RING finger domain
XP_057804494.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 169 209 1.7e-06 28.6 RING-type zinc-finger
XP_057804494.1 Pfam PF14599 zinc_ribbon_6 Domain 217 274 4.5e-27 94.5 Zinc-ribbon
XP_057804500.1 Pfam PF05495 zf-CHY Domain 33 107 1.3e-18 67.9 CHY zinc finger
XP_057804500.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 168 211 1.3e-07 32.5 Ring finger domain
XP_057804500.1 Pfam PF14634 zf-RING_5 Domain 168 213 2e-06 28.4 zinc-RING finger domain
XP_057804500.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 169 209 1.7e-06 28.6 RING-type zinc-finger
XP_057804500.1 Pfam PF14599 zinc_ribbon_6 Domain 217 274 4.5e-27 94.5 Zinc-ribbon

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948511.1
TCCCGCCCTATAAAACCGGTGTGCTTGCGATGTCTGACTGCGCATCAGATCAAATCGTCGTTTAGTAATAAAGGCAAACGGAAAGAATCTAGAGATTTTCGCGTCCAGATTTTTTTCGTATATATCTCCTGAATATTTGAATTGAATCTTTTCATTAGAGGATACATATTTGAATCTTTTTCTTAAGTTGAATATGATGTGTGAATTTAAGGAAGAAACTCCAGTCCTTGTGTTGGACGACCTGAACACAGATGGGATTC...
XM_057948502.1
AAAACCGGTGTGCTTGCGATGTCTGACTGCGCATCAGATCAAATCGTCGTTTAGTAATAAAGGCAAACGGAAAGAATCTAGAGATTTTCGCGTCCAGATTTTTTTCGCAACCCATTAAGGGAGAAACACAGTTGAACAAATGGATGACGATCTGTTGAATTTATTAGCGCAGTTGAATATGATGTGTGAATTTAAGGAAGAAACTCCAGTCCTTGTGTTGGACGACCTGAACACAGATGGGATTCAAATGGATTTGCCTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131019895
ATGGATGACGATCTGTTGAATTTATTAGCGCAGTTGAATATGATGTGTGAATTTAAGGAAGAAACTCCAGTCCTTGTGTTGGACGACCTGAACACAGATGGGATTCAAATGGATTTGCCTTCTGCCAATTATGGGTGCAAGCATTACAGAAGGAGATGCAAGATCAGAGCTCCTTGTTGTGATGAGATTTTTGATTGCAGACATTGCCATAATGAAGCTAAGAATGACCTCGAAATCAATCCGATTGATCGGCACGACAT...
LOC131019895
ATGATGTGTGAATTTAAGGAAGAAACTCCAGTCCTTGTGTTGGACGACCTGAACACAGATGGGATTCAAATGGATTTGCCTTCTGCCAATTATGGGTGCAAGCATTACAGAAGGAGATGCAAGATCAGAGCTCCTTGTTGTGATGAGATTTTTGATTGCAGACATTGCCATAATGAAGCTAAGAATGACCTCGAAATCAATCCGATTGATCGGCACGACATTCCCCGCCACGAAGTGAAAAGGGTTATATGCTCCATTTG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057804485.1
MDDDLLNLLAQLNMMCEFKEETPVLVLDDLNTDGIQMDLPSANYGCKHYRRRCKIRAPCCDEIFDCRHCHNEAKNDLEINPIDRHDIPRHEVKRVICSICDTEQNVQQNCINCGVCMGNYFCDKCNFFDDDVSKKQYHCDDCGICRTGGVEKFFHCSKCGCCYALSIKDTHRCVERAMHHNCAVCFEYLFDSTKNITVLPCGHTIHLECVHEMKHHYRYSCPVCSKSIGDMSNVWQKLDEEIASTPMPEMYKNKMVWILC...
XP_057804494.1
MMCEFKEETPVLVLDDLNTDGIQMDLPSANYGCKHYRRRCKIRAPCCDEIFDCRHCHNEAKNDLEINPIDRHDIPRHEVKRVICSICDTEQNVQQNCINCGVCMGNYFCDKCNFFDDDVSKKQYHCDDCGICRTGGVEKFFHCSKCGCCYALSIKDTHRCVERAMHHNCAVCFEYLFDSTKNITVLPCGHTIHLECVHEMKHHYRYSCPVCSKSIGDMSNVWQKLDEEIASTPMPEMYKNKMVWILCNDCEETCEVQFHI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器