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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001916

染色体: Chr04 坐标: 31246982-31250422 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001916
名称SmilChr04G001916
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向31246982 - 31250422 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019900
GeneID131019900
locus_tag-
NCBI NameLOC131019900
原始查询LOC131019900

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=46.5; qcov=0.922; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0170300
-
identity=50.9; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019900

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804503.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804503.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804503.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804503.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804503.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:31247432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr4:31247444 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C42
Chr4:31247444 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 C42
Chr4:31247512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C7,C79
Chr4:31247645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr4:31247666 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87
Chr4:31247969 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr4:31248011 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 C5
Chr4:31248011 C CG 1bp_insertion CDS_variant 1 C5
Chr4:31248016 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C5
Chr4:31248016 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C5
Chr4:31248078 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B119

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804503.1
969 aa
N
1
484
969
LRRNT_2
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 33-70 aa PF00560 LRR_1 101-122 aa PF23598 LRR_14 134-272 aa PF00560 LRR_1 173-194 aa PF00560 LRR_1 196-218 aa PF00560 LRR_1 244-266 aa PF00560 LRR_1 268-290 aa PF13855 LRR_8 315-375 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa PF00560 LRR_1 388-410 aa PF00560 LRR_1 437-458 aa PF00560 LRR_1 461-482 aa PF13855 LRR_8 507-567 aa PF00560 LRR_1 508-530 aa PF00560 LRR_1 579-599 aa PF13855 LRR_8 579-636 aa PF00560 LRR_1 601-623 aa PF00560 LRR_1 625-647 aa PF00560 LRR_1 649-670 aa PF00560 LRR_1 675-695 aa PF23598 LRR_14 692-828 aa PF00560 LRR_1 698-719 aa PF00560 LRR_1 722-743 aa PF00560 LRR_1 745-767 aa PF00560 LRR_1 774-792 aa PF00560 LRR_1 794-816 aa PF00560 LRR_1 818-839 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804503.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 70 5.9e-10 40.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 101 122 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 134 272 6.6e-53 180.4 Leucine-rich repeat region
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 173 194 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 196 218 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 244 266 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 268 290 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 315 375 6.5e-53 177.1 Leucine rich repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 388 410 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 437 458 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 461 482 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 507 567 6.5e-53 177.1 Leucine rich repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 508 530 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 579 599 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 579 636 6.5e-53 177.1 Leucine rich repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 601 623 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 625 647 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 649 670 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 675 695 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 692 828 6.6e-53 180.4 Leucine-rich repeat region
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 698 719 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 722 743 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 745 767 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 774 792 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 794 816 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat
XP_057804503.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 818 839 3.4e-77 238.2 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948520.1
ACTTAGGGTTACCCCCACCTAATTTTTTGAATTTTTCCAAACATGGTCTAGTGGGTCTCTTCCATAGCTCTTTCCCTACCTTTTATCTTTTCTTCATTCGCACCATCTTATCTTGTTTAACACAATTGAAAAACATGCTCCATACTACTATCATTGTTTTAAGACAAACTATGAAAATATCCCAACTTTTAGCAAAATCTCCTAAAGTAAAAAAGTGAATAAACACAACCTTAAACAAACATTTCCTTCCTCAAAACCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019900
ATGACAACAACACTTCAACTCTGGCCTCTAATTCTTTCCCTTACAATCCTCATATCTTTCCTGGATCTCGATCACCCCAGTCTCGTATATGCTACACCTGATGATTCACACTGGCTCCTCGAGATAAAGTCCGAGTTCATCGACCCTCTCGGAGCCCTCAACAGCTGGTTGCAAAAAACTAGCATGTGCACATGGAATGGGATCACATGTGCAGATGACAAAAACCACATTCTATCACTAAACCTCTCAAATTCTGGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804503.1
MTTTLQLWPLILSLTILISFLDLDHPSLVYATPDDSHWLLEIKSEFIDPLGALNSWLQKTSMCTWNGITCADDKNHILSLNLSNSGLNGPISPHFSKLSFLETLDLSLNSLSGPIPPDIGNLINLKELLLFSNSISGTVPPQIALLKQLQVLRIGDNLLTGQVLQNIGVLSELRVLGLAYCNFNGSIPKEIGNLKNLMSLDLQHNSFDGVIPEEISGCTGLRNFAASNNRFGGGIPASIGLLPSLQILNLANNSLSEAIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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