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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001955

染色体: Chr04 坐标: 31739695-31744575 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001955
名称SmilChr04G001955
描述uncharacterized SmilChr04G001955
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向31739695 - 31744575 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019932
GeneID131019932
locus_tag-
NCBI NameLOC131019932
原始查询LOC131019932

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Phox (PX) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823976]; symbol=AT3G48195; hit=AT3G48195; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Phox (PX) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823976]; symbol=AT3G48195; hit=AT3G48195; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G48195 (AT3G48195)
Phox (PX) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823976]
identity=44.8; qcov=0.798; evalue=0; confidence=medium
RiceOs01g0549500
-
identity=52.8; qcov=0.56; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0035091 (phosphatidylinositol binding)
KEGG-
PfamPF00787 (PX); PF13901 (RH_dom)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019932

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.80000 XP_057804536.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057804536.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057804536.1
4 Endosome 内体 0.60000 XP_057804536.1
5 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057804536.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:31740032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr4:31740076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C80
Chr4:31740218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr4:31740227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr4:31740682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,D7
Chr4:31740815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B23,C43
Chr4:31740972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr4:31741076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B121,B81
Chr4:31741183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr4:31741318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A25
Chr4:31741329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr4:31741900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804536.1
1068 aa
N
1
534
1068
PX
RH_dom
C
PF00787 PX 618-707 aa PF13901 RH_dom 793-998 aa
XP_057804537.1
1068 aa
N
1
534
1068
PX
RH_dom
C
PF00787 PX 618-707 aa PF13901 RH_dom 793-998 aa
XP_057804538.1
1040 aa
N
1
520
1040
PX
RH_dom
C
PF00787 PX 590-679 aa PF13901 RH_dom 765-970 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804536.1 Pfam PF00787 PX Domain 618 707 6.6e-10 40.1 PX domain
XP_057804536.1 Pfam PF13901 RH_dom Domain 793 998 6.9e-53 180.3 Rubicon Homology Domain
XP_057804537.1 Pfam PF00787 PX Domain 618 707 6.6e-10 40.1 PX domain
XP_057804537.1 Pfam PF13901 RH_dom Domain 793 998 6.9e-53 180.3 Rubicon Homology Domain
XP_057804538.1 Pfam PF00787 PX Domain 590 679 6.2e-10 40.2 PX domain
XP_057804538.1 Pfam PF13901 RH_dom Domain 765 970 6.5e-53 180.4 Rubicon Homology Domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948553.1
GGGTTTAGTAGAAGAAGTCGTTATTCTACATCAGACTTCAAGATCTGAACTGTTTCTCTCTCCCCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCATCCCCGCCCGCATCCGTGGAGTTGTTCGGATAAATGAGATGATAGACGGCGATGGGATTGAGGAGAAACAATCCCCTGCGTTCGCCACTCAGGGCGATCGGGAATCGGACGGCGGCGATGACTTGTCTCACTACTCATCTTGCGGTGGCGAATCGGAGTTCGAGAGA...
XM_057948555.1
GGGTTTAGTAGAAGAAGTCGTTATTCTACATCAGACTTCAAGATCTGAACTGTTTCTCTCTCCCCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCATCCCCGCCCGCATCCGTGGAGTTGTTCGGATAAATGAGATGATAGACGGCGATGGGATTGAGGAGAAACAATCCCCTGCGTTCGCCACTCAGGGCGATCGGGAATCGGACGGCGGCGATGACTTGTCTCACTACTCATCTTGCGGTGGCGAATCGGAGTTCGAGAGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131019932
ATGATAGACGGCGATGGGATTGAGGAGAAACAATCCCCTGCGTTCGCCACTCAGGGCGATCGGGAATCGGACGGCGGCGATGACTTGTCTCACTACTCATCTTGCGGTGGCGAATCGGAGTTCGAGAGATACTGCAGTGCCAGCTCCGCAATGGGCACCCCTAGTTTCCGAGGTAGCTCGTTGTATGATTCTGATTTCGGTTCGTTGAAAAGCTTCAAACTTGGTGGTGAAATTTCTGATTTTAATAAGATTCTGGGGGC...
LOC131019932
ATGATAGACGGCGATGGGATTGAGGAGAAACAATCCCCTGCGTTCGCCACTCAGGGCGATCGGGAATCGGACGGCGGCGATGACTTGTCTCACTACTCATCTTGCGGTGGCGAATCGGAGTTCGAGAGATACTGCAGTGCCAGCTCCGCAATGGGCACCCCTAGTTTCCGAGGTAGCTCGTTGTATGATTCTGATTTCGGTTCGTTGAAAAGCTTCAAACTTGGTGGTGAAATTTCTGATTTTAATAAGATTCTGGGGGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057804536.1
MIDGDGIEEKQSPAFATQGDRESDGGDDLSHYSSCGGESEFERYCSASSAMGTPSFRGSSLYDSDFGSLKSFKLGGEISDFNKILGAERVLSGYRESECGSGGNESCRDQKDNGALSLNGGFEGFFVGGVDLRGNFDADGDWGNGVVTESEMKGIADGNVRIAREFVETGKERRFRGSVEKASDSGERLEIDGGEDKNLSDEGEASSRCEHSEGEDSMFGCGSDDERKIDLYYGKNAPFHVEESGLKENRLIMNSAVAFG...
XP_057804537.1
MIDGDGIEEKQSPAFATQGDRESDGGDDLSHYSSCGGESEFERYCSASSAMGTPSFRGSSLYDSDFGSLKSFKLGGEISDFNKILGAERVLSGYRESECGSGGNESCRDQKDNGALSLNGGFEGFFVGGVDLRGNFDADGDWGNGVVTESEMKGIADGNVRIAREFVETGKERRFRGSVEKASDSGERLEIDGGEDKNLSDEGEASSRCEHSEGEDSMFGCGSDDERKIDLYYGKNAPFHVEESGLKENRLIMNSAVAFG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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