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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001977

染色体: Chr04 坐标: 32040599-32041520 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001977
名称SmilChr04G001977
描述uncharacterized SmilChr04G001977
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向32040599 - 32041520 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019944
GeneID131019944
locus_tag-
NCBI NameLOC131019944
原始查询LOC131019944

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF06839 (Zn_ribbon_GRF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019944

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057804553.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057804553.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057804553.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804553.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804553.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:32040695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr4:32040701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C61
Chr4:32040744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C75,D1
Chr4:32040752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:32040757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B39,C17,C63,D3
Chr4:32040786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr4:32040807 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B78,C19
Chr4:32040825 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr4:32040827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr4:32040834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B140,C85
Chr4:32040838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B104,C29
Chr4:32040855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C33,C75,D1,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804553.1
175 aa
N
1
88
175
Zn_ribbon_GRF
C
PF06839 Zn_ribbon_GRF 40-80 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804553.1 Pfam PF06839 Zn_ribbon_GRF Domain 40 80 8.2e-07 29.8 GRF zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948570.1
ATTACCAAACTATTTTCAAATTCTGGTATAAATTCTGAACTTAAAAGGGTATCATGTAAATAGCTGAACTATTAATTTAATCTAATTTTGTAACTCCGGTCATTTGCCGATTGAAAATTAGTGACGTGGATGACTGGAAATCCTACCTGGATTCACCGGACAAACATTTAAACACAGTCGTTTAAATTACTGTCTATACGTCGTCGTTTGGGCTGAAGACTGAATTTTTTATAAATTAGAACCTTAAAACCTAATTCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019944
ATGAGCAAATGGTGGAATAGCGAGACCGGAGAATCCTTTTCGAGCTCAAGCTCGTCTGAGTTGGGGTTCAACTCACCATACAATTCGCGTTCGGGTAGCTCCGCTGGGCTGCCCAAACTATGCAAACACGGCATTGCGTCGTTGAGAACTTCTCACACCCCTCTCAACCCTATGCGGCGATTCTACTGCTGCAGCCGTCGAGGGTCTGCCGAAGATTGTGGGTTATGGGAGTGGGTTGATCCAGAATTGAATGACCACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804553.1
MSKWWNSETGESFSSSSSSELGFNSPYNSRSGSSAGLPKLCKHGIASLRTSHTPLNPMRRFYCCSRRGSAEDCGLWEWVDPELNDHYKECISKLRNDMARAEELRDQATMAATLSSQRLESRLAVMNSAVVELDLLKARNETLEGIVRGLLFKIRTTKWVLCVVALLFALLWVLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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