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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001987

染色体: Chr04 坐标: 32165455-32176512 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001987
名称SmilChr04G001987
描述uncharacterized SmilChr04G001987
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向32165455 - 32176512 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019956
GeneID131019956
locus_tag-
NCBI NameLOC131019956
原始查询LOC131019956

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821511]; symbol=AT3G19740; hit=AT3G19740; species=arabidopsis; confidence=high
产物P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821511]; symbol=AT3G19740; hit=AT3G19740; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G19740 (AT3G19740)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821511]
identity=63.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0225900
-
identity=82; qcov=0.37; evalue=0; confidence=low
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005741 (mitochondrial outer membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG-
PfamPF00004 (AAA); PF17862 (AAA_lid_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019956

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057804565.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057804565.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057804565.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804565.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804565.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:32165857 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr4:32168839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr4:32168959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,B56,B68,B96,C85
Chr4:32169106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B30,B98,C56,C80
Chr4:32170273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B30,B98,C56,C80
Chr4:32170732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr4:32170778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,C42
Chr4:32171010 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,C1,C23,C50,C72
Chr4:32171288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,D7
Chr4:32172878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B30,B98,C56,C80
Chr4:32173479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B65,B78,D4
Chr4:32174332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B30,B98,C56,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804565.1
1013 aa
N
1
506
1013
AAA
AAA_lid_3
C
PF00004 AAA 762-892 aa PF17862 AAA_lid_3 918-953 aa
XP_057804566.1
1013 aa
N
1
506
1013
AAA
AAA_lid_3
C
PF00004 AAA 762-892 aa PF17862 AAA_lid_3 918-953 aa
XP_057804567.1
991 aa
N
1
496
991
AAA
AAA_lid_3
C
PF00004 AAA 740-870 aa PF17862 AAA_lid_3 896-931 aa
XP_057804568.1
991 aa
N
1
496
991
AAA
AAA_lid_3
C
PF00004 AAA 740-870 aa PF17862 AAA_lid_3 896-931 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804565.1 Pfam PF00004 AAA Domain 762 892 4.5e-39 134.6 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
XP_057804565.1 Pfam PF17862 AAA_lid_3 Domain 918 953 7.6e-11 42.1 AAA+ lid domain
XP_057804566.1 Pfam PF00004 AAA Domain 762 892 4.5e-39 134.6 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
XP_057804566.1 Pfam PF17862 AAA_lid_3 Domain 918 953 7.6e-11 42.1 AAA+ lid domain
XP_057804567.1 Pfam PF00004 AAA Domain 740 870 4.2e-39 134.7 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
XP_057804567.1 Pfam PF17862 AAA_lid_3 Domain 896 931 7.3e-11 42.1 AAA+ lid domain
XP_057804568.1 Pfam PF00004 AAA Domain 740 870 4.2e-39 134.7 ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
XP_057804568.1 Pfam PF17862 AAA_lid_3 Domain 896 931 7.3e-11 42.1 AAA+ lid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948583.1
TGAAACCCTTATTTTTATCTGCTGAAGAACAGATCTTATCGCCCTATTTTATGTATTTGGGAAAACATAAAAACAGAAGGCGCAAGCACTTGCACCCACCTTCTCTATCGCCTCCCTCATTAGCGGGCGCCCGCACTTCTGTTTCTCATCCCATTCATTCATTCTTCATATATTGATCCGTCTTGGTATTTTTTTCCCAATTCAAGTATACATAAAAGCAAACAAGTTCCGATGTATGCAAGGACACTAAAGTATAGAAA...
XM_057948582.1
TGAAACCCTTATTTTTATCTGCTGAAGAACAGATCTTATCGCCCTATTTTATGTATTTGGGAAAACATAAAAACAGAAGGCGCAAGCACTTGCACCCACCTTCTCTATCGCCTCCCTCATTAGCGGGCGCCCGCACTTCTGTTTCTCATCCCATTCATTCATTCTTCATATATTGATCCGTCTTGGTATTTTTTTCCCAATTCAAGTATACATAAAAGGTCTGTGCTTTTCAGCAAACAAGTTCCGATGTATGCAAGGAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131019956
ATGTATGCAAGGACACTAAAGTATAGAAACCAATGGAATTATGTGGTTCAACGCAGCAAATATTTTTGTAGCTCTAGTTATTATACTGGACAATATCTGAGCACTGCAGCAAGAGCCAGTAGCTTGGTCGAGAGATATGTGTCAAATTCTTCTCCATTATCAGGGTTTTCATCCAAGAGATGGTGTAGAAGATCAAGTTCGAGGCCAGATGTTGGTTGGATAAATTCGTCGCTGAGATTTTATAGTTCCGAAGGCGATGG...
LOC131019956
ATGTATGCAAGGACACTAAAGTATAGAAACCAATGGAATTATGTGGTTCAACGCAGCAAATATTTTTGTAGCTCTAGTTATTATACTGGACAATATCTGAGCACTGCAGCAAGAGCCAGTAGCTTGGTCGAGAGATATGTGTCAAATTCTTCTCCATTATCAGGGTTTTCATCCAAGAGATGGTGTAGAAGATCAAGTTCGAGGCCAGATGTTGGTTGGATAAATTCGTCGCTGAGATTTTATAGTTCCGAAGGCGATGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057804565.1
MYARTLKYRNQWNYVVQRSKYFCSSSYYTGQYLSTAARASSLVERYVSNSSPLSGFSSKRWCRRSSSRPDVGWINSSLRFYSSEGDGRNASEDKRVPDKDVVECEKEKIPKENIADNARHCDAHARLGEHDQREWLKNEKISMDNKKKESPFLTRRERFRNEFLRRITPWEKITVSWDNFPYYIPEHTKNLLVECTASHLKHKKLTTDYGGRLTSASGRILLRSIPGTELYRERLVRAVARDLQVPVLVLDSSILAPYDF...
XP_057804566.1
MYARTLKYRNQWNYVVQRSKYFCSSSYYTGQYLSTAARASSLVERYVSNSSPLSGFSSKRWCRRSSSRPDVGWINSSLRFYSSEGDGRNASEDKRVPDKDVVECEKEKIPKENIADNARHCDAHARLGEHDQREWLKNEKISMDNKKKESPFLTRRERFRNEFLRRITPWEKITVSWDNFPYYIPEHTKNLLVECTASHLKHKKLTTDYGGRLTSASGRILLRSIPGTELYRERLVRAVARDLQVPVLVLDSSILAPYDF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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