Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G001540`

染色体: Chr04 坐标: 25364426-25369568 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G001540`
名称	SmilChr04G001540
描述	7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	25364426 - 25369568 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019979`
GeneID	`131019979`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019979`
原始查询	`LOC131019979`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like
产物	7-deoxyloganetic acid glucosyltransferase-like
Arabidopsis	`AT1G22380` (UGT85A3) UDP-glucosyl transferase 85A3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838845] identity=35.8; qcov=1.02; evalue=8.65e-94; confidence=medium
Rice	`Os07g0486700` - identity=43.7; qcov=1.01; evalue=2.49e-130; confidence=medium
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057804600.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057804600.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804600.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804600.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804600.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:25364686`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:25364695`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr4:25364703`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr4:25364728`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,B62
`Chr4:25364847`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B126,B133,C17,C59,C84
`Chr4:25364851`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr4:25364853`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B53,C84
`Chr4:25364853`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C84
`Chr4:25364863`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B126,B133,C17,C59,C84
`Chr4:25364917`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr4:25364946`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B62,C57
`Chr4:25364959`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804600.1

462 aa

231

462

UDPGT

PF00201 UDPGT 256-391 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804600.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	256	391	1e-19	71.5	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948617.1
GTAACAACTATTACAAGTCCGATTTAACAATTTTTTCAAATTATTAATTGAAGAGTTTATAACTGCGGAAACAAAAGCATATCCGAATCAAATATGGCTCATGTGCTTATATTTCCTCTGCCTCTCCAAGGCCCCATCAACGGCATGCTCAGACTCGCCGAGATTCTGTGCCTCCAACACATCAACATCACATTCATCATCACTCAACACATCCACCGCCGCCTCCTCCATTCCTCCGACATTCAAGTAAAGTATCACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019979
ATGGCTCATGTGCTTATATTTCCTCTGCCTCTCCAAGGCCCCATCAACGGCATGCTCAGACTCGCCGAGATTCTGTGCCTCCAACACATCAACATCACATTCATCATCACTCAACACATCCACCGCCGCCTCCTCCATTCCTCCGACATTCAAGTAAAGTATCACGACACCTTCCACTTCCAAACCGTTCCCGATGGCCTGCCCGAAGAGCACCCGAGAACCATTTTTGAGTTCTCGGAGCTCATGCAATCCCTGGGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804600.1
MAHVLIFPLPLQGPINGMLRLAEILCLQHINITFIITQHIHRRLLHSSDIQVKYHDTFHFQTVPDGLPEEHPRTIFEFSELMQSLGAVAPSILRKMLTSTDAGKQVSCIIADGLLTFATDIAAEIGIPLLYFDTISPSAIWTYMCLPKLIQAGELPFKDDNLDETIRNIRGMEGIMRRRDLPDFCRTMNFKDPQVDLVLKQVHHMPISQGLILNTFQHLDALVLFQMLKLCPNIYAIGPLHTHLQSSDIISSSIWQEDRS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器