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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001680

染色体: Chr01 坐标: 31005862-31007306 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001680
名称SmilChr01G001680
描述uncharacterized SmilChr01G001680
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向31005862 - 31007306 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020002
GeneID131020002
locus_tag-
NCBI NameLOC131020002
原始查询LOC131020002

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020002

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804620.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057804620.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804620.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804620.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804620.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:31006105 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A3,B47,C20,C59
Chr1:31006105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B47,C20,C59
Chr1:31006664 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A1,B130,B140
Chr1:31006664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B130,B140
Chr1:31006679 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A6,B135,B56,B83,B96,C19
Chr1:31006684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B47
Chr1:31006694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,B92,C1,C45,C7
Chr1:31006701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr1:31006711 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B79
Chr1:31006720 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C44
Chr1:31006720 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C44
Chr1:31006774 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B45,B64,C19,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948637.1
AAGAGAGAATTCCCCATCTCTCGTTCTCACTCCTCGGCTGAAACCCCCAAACACATCTCTCTCTCTCTCCTTACGCTGAGAGCTCTATTTGTTCTCTCGATATGTTTCCGGCGAGGAATCTGGCGCCGCAGCCGTCGACCATCTCTTTCATCTGAATCGTGCCCTAGCTCTTCCTCAAATCCTCTGGAAAAGGCGAAGATGAAAAGCCCCAATTTTTCTCCTTCATCTGAATCGTGCCCTAGCTCTTCCTCTGCCCAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020002
ATGAAAAGCCCCAATTTTTCTCCTTCATCTGAATCGTGCCCTAGCTCTTCCTCTGCCCAAATCGTCGCCGCCCTGCTACAACTTCCGGCGGCATCGCCGCCCTACGCGGCTCTGAAACTCCGGCAAAGTCGACGCCGTGCACCGGAGTGTCTTTCTCTCTCAATTCCCGTTCACAACAGAGCTCGTCTGCTGGCGAATGGAGCTCGCCCTTCTCTCTTTCCCCGTGGATCTCCGCCGCGAATAGCTCCGGCGAGGCCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804620.1
MKSPNFSPSSESCPSSSSAQIVAALLQLPAASPPYAALKLRQSRRRAPECLSLSIPVHNRARLLANGARPSLFPRGSPPRIAPARPAVAASEIGDASAVPCSTSHILTHAHPTEARVVPSPPITNRRDAASSPVVSAAVRYCFRLSHRQRVVSRGSIYWMAQLGECYCRNCFREMEWVPW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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