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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001587

染色体: Chr04 坐标: 26379524-26382320 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001587
名称SmilChr04G001587
描述uncharacterized SmilChr04G001587
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向26379524 - 26382320 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020020
GeneID131020020
locus_tag-
NCBI NameLOC131020020
原始查询LOC131020020

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824767]; symbol=AT3G56010; hit=AT3G56010; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824767]; symbol=AT3G56010; hit=AT3G56010; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G56010 (AT3G56010)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824767]
identity=72.8; qcov=0.511; evalue=7.09e-55; confidence=medium
RiceOs03g0293100
-
identity=56.1; qcov=0.623; evalue=1.52e-41; confidence=medium
GOGO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020020

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057804633.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057804633.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057804633.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057804633.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804633.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:26381557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B53
Chr4:26381604 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr4:26381633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr4:26381743 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B104,B25,C13
Chr4:26381815 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr4:26381822 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B7,C41
Chr4:26381826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C85
Chr4:26381939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C83
Chr4:26381969 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B49,C71
Chr4:26381997 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,B66
Chr4:26382069 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948650.1
CAGAGCTGAAATTCTGAATATTTTAAAAGAATATTTGCGCCGTTTTTGCACTTAATATCTGTTTTTATATAAAAACTAAAAAGAATTTCCGTTTGAGAATATCTATACTTGGCATCCTTCTGCGCCATCCGTTTGGCAACTCCCCTTTCTCTCTCTTGAGAAAGCTTAATGGTTGGCCCTTGAAACACCATCTCTACCGTTCACCCCATGGCTGTTTCACTGAATTCGGTCATCGGCTTCAACCCCACGACTAACTACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020020
ATGGCTGTTTCACTGAATTCGGTCATCGGCTTCAACCCCACGACTAACTACCAGCAGGGGCGGAGAGATAATGCCGGGGTTTCGTTACTGAAGATCTCTTCTCTCTCGGGACCGGTTGGATTAAGACAATGTACGCGAGGGACAAGAACAAGATTCCACCTCGTAGCTGCTGGAGGTGATAATGTCGCCACAGAGACTAGTGTCACAGATTCTAAACCCATCGAGCCTCCAGACAGCGCCTCTGACGTAAATCCTTCAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804633.1
MAVSLNSVIGFNPTTNYQQGRRDNAGVSLLKISSLSGPVGLRQCTRGTRTRFHLVAAGGDNVATETSVTDSKPIEPPDSASDVNPSTESDKTEEPNGAISSTDVGKPSSNVKRASLTARERLRAARVLSRYTDSKPAKPMLGSRLLDALQQSDKGKKRPGLPEAPTNMLDDSKRGMPKEGWTIELPGGMDVFFIILSFVLISTVMFATTFVVWKVGAIHFNEY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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