当前解析结果
SmilChr04G001632| 统一新 Gene ID | SmilChr04G001632 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G001632 |
| 描述 | protein LURP-one-related 14-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 27083368 - 27086311 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020061 |
|---|---|
| GeneID | 131020061 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020061 |
| 原始查询 | LOC131020061 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein LURP-one-related 14-like |
| 产物 | protein LURP-one-related 14-like |
| Arabidopsis | AT3G56180 (AT3G56180)LURP-one-like protein (DUF567) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824784] identity=38.3; qcov=0.979; evalue=9.25e-42; confidence=medium |
| Rice | Os07g0230700- identity=32.1; qcov=0.974; evalue=6.43e-32; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04525 (LOR) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020061 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057804685.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057804685.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057804685.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804685.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804685.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:27083476 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr4:27083552 |
C |
CGT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B35 |
Chr4:27083552 |
C |
CGT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr4:27085277 |
GTT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 12 | A6,B101,B126,B33,B42,B43,B49,B54,B7,B85,C58,D11 |
Chr4:27085369 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 21 | A6,B101,B102,B126,B132,B33,B41,B42,B43,B49,B54,B7,B85,C19,C32,C4,C58,C60,C68,D10,D11 |
Chr4:27085380 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 20 | A6,B101,B102,B126,B132,B33,B41,B42,B43,B49,B54,B7,B85,C19,C32,C4,C58,C68,D10,D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804685.1PF04525
LOR 32-187 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804685.1 |
Pfam | PF04525 |
LOR | Domain | 32 | 187 | 3e-32 | 113.1 | LURP-one-related |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。