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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001632

染色体: Chr04 坐标: 27083368-27086311 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001632
名称SmilChr04G001632
描述protein LURP-one-related 14-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向27083368 - 27086311 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020061
GeneID131020061
locus_tag-
NCBI NameLOC131020061
原始查询LOC131020061

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LURP-one-related 14-like
产物protein LURP-one-related 14-like
ArabidopsisAT3G56180 (AT3G56180)
LURP-one-like protein (DUF567) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824784]
identity=38.3; qcov=0.979; evalue=9.25e-42; confidence=medium
RiceOs07g0230700
-
identity=32.1; qcov=0.974; evalue=6.43e-32; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF04525 (LOR)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020061

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057804685.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057804685.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057804685.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804685.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804685.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:27083476 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr4:27083552 C CGT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B35
Chr4:27083552 C CGT 2bp_insertion CDS_variant 1 B35
Chr4:27085277 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 12 A6,B101,B126,B33,B42,B43,B49,B54,B7,B85,C58,D11
Chr4:27085369 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 21 A6,B101,B102,B126,B132,B33,B41,B42,B43,B49,B54,B7,B85,C19,C32,C4,C58,C60,C68,D10,D11
Chr4:27085380 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 20 A6,B101,B102,B126,B132,B33,B41,B42,B43,B49,B54,B7,B85,C19,C32,C4,C58,C68,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804685.1
192 aa
N
1
96
192
LOR
C
PF04525 LOR 32-187 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804685.1 Pfam PF04525 LOR Domain 32 187 3e-32 113.1 LURP-one-related

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948702.1
GCTCACATAAGAAGAGTGATGTTCCCAATGAAACTTAAAAAATATATATAGATGAACACAACATCTGTGGTAGGTGTGGTTGAAAAATGTTCGTACCGGAGGGTGGACGTTTGGTTCCTACAGTGAGCATCGTGAAAGACGACTACTGCTATCCGTACTTGGTGGAGTTGGGCGTAAGCAAAAGCGTGGGTTTATCCAGTAAGCACATATGCGCTTTTGATGGAACTGGAACTCTACTACTGCAAGTAATTGGAGGCTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020061
ATGTTCGTACCGGAGGGTGGACGTTTGGTTCCTACAGTGAGCATCGTGAAAGACGACTACTGCTATCCGTACTTGGTGGAGTTGGGCGTAAGCAAAAGCGTGGGTTTATCCAGTAAGCACATATGCGCTTTTGATGGAACTGGAACTCTACTACTGCAAGTAATTGGAGGCTTTTGGCAGTTCAACAAGAAACGAACCATGTATAATTCTTTTGGGCACCCCATCATCACCATGCGTAGGAAGGCACACCAAGAATGGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804685.1
MFVPEGGRLVPTVSIVKDDYCYPYLVELGVSKSVGLSSKHICAFDGTGTLLLQVIGGFWQFNKKRTMYNSFGHPIITMRRKAHQEWIVHSGERVEGSNLLYSVKKAESFQLKTKLEIFLSTNTNTHLCDFRVIGSYTSQSFKVYKGETVVAEVKEKSKLRRLGTGSFQARIYPGIDYAFIVSLLVIFTEIDF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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