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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G001634

染色体: Chr04 坐标: 27117745-27119669 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G001634
名称SmilChr04G001634
描述homeobox-leucine zipper protein ATHB-6-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向27117745 - 27119669 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020063
GeneID131020063
locus_tag-
NCBI NameLOC131020063
原始查询LOC131020063

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述homeobox-leucine zipper protein ATHB-6-like
产物homeobox-leucine zipper protein ATHB-6-like
ArabidopsisAT2G22430 (HB6)
homeobox protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816775]
identity=66.9; qcov=0.602; evalue=4.23e-57; confidence=high
RiceOs09g0470500 (Oshox4)
-
identity=70; qcov=0.43; evalue=1.64e-46; confidence=low
GOGO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00046 (Homeodomain); PF02183 (HALZ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020063

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804687.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057804687.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804688.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804688.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804688.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:27117780 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C26
Chr4:27117780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr4:27117785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B20,B98,C61
Chr4:27117806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B52,C29,C7
Chr4:27117838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr4:27117873 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 13 A6,B110,B132,B20,B44,B88,B94,B97,C19,C72,D1,D10,D2
Chr4:27117879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B20,B98,C61
Chr4:27117907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr4:27117933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr4:27117968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr4:27117982 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr4:27118027 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804687.1
267 aa
N
1
134
267
Homeodomain
HALZ
C
PF00046 Homeodomain 66-119 aa PF02183 HALZ 121-162 aa
XP_057804688.1
266 aa
N
1
133
266
Homeodomain
HALZ
C
PF00046 Homeodomain 65-118 aa PF02183 HALZ 120-161 aa
XP_057804689.1
265 aa
N
1
132
265
Homeodomain
HALZ
C
PF00046 Homeodomain 64-117 aa PF02183 HALZ 119-160 aa
XP_057804690.1
256 aa
N
1
128
256
Homeodomain
HALZ
C
PF00046 Homeodomain 55-108 aa PF02183 HALZ 110-151 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804687.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 66 119 1.2e-18 67.4 Homeodomain
XP_057804687.1 Pfam PF02183 HALZ Coiled-coil 121 162 3e-15 56.8 Homeobox associated leucine zipper
XP_057804688.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 65 118 7.9e-19 67.9 Homeodomain
XP_057804688.1 Pfam PF02183 HALZ Coiled-coil 120 161 3e-15 56.8 Homeobox associated leucine zipper
XP_057804689.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 64 117 6.3e-20 71.5 Homeodomain
XP_057804689.1 Pfam PF02183 HALZ Coiled-coil 119 160 3e-15 56.8 Homeobox associated leucine zipper
XP_057804690.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 55 108 3.1e-17 62.9 Homeodomain
XP_057804690.1 Pfam PF02183 HALZ Coiled-coil 110 151 2.8e-15 56.9 Homeobox associated leucine zipper

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948707.1
CAAAGAACGAAGAGACTCAGCAACTTTGATTCCTTGGGTGGTTTGATGTCCATCTGTCCCAACGCTACAGAGGAAGAAAGCAATAATCCGATGTACGCGAGGGAGTTCCAGACGATGCTGGAGGGTTTGGAGGAGGAGGAATCGGGGCACGTGTCAGAGAAGAAACGGAGATTGAGCGTGGATCAGGAATCGGGGCACGTGTCAGAGAAGAAACGGAGATTGAGCGTGGATCAGGTCAAGGCATTGGAGAAGAATTTCGA...
XM_057948706.1
CAAAGAACGAAGAGACTCAGCAACTTTGATTCCTTGGGTGGTTTGATGTCCATCTGTCCCAACGCTACAGAGGAAGAAAGCAATAATCCGATGTACGCGAGGGAGTTCCAGACGATGCTGGAGGGTTTGGAGGAGGAGGAATCGGGGCACGTGTCAGAGAAGAAACGGAGATTGAGCGTGGATCAGGTCAAGGCATTGGAGAAGAATTTCGAGGAATCGGGGCACGTGTCAGAGAAGAAACGGAGATTGAGCGTGGATCA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131020063
ATGTCCATCTGTCCCAACGCTACAGAGGAAGAAAGCAATAATCCGATGTACGCGAGGGAGTTCCAGACGATGCTGGAGGGTTTGGAGGAGGAGGAATCGGGGCACGTGTCAGAGAAGAAACGGAGATTGAGCGTGGATCAGGAATCGGGGCACGTGTCAGAGAAGAAACGGAGATTGAGCGTGGATCAGGTCAAGGCATTGGAGAAGAATTTCGAGGTCGAGAATAAGCTTGAGCCGGAGAGGAAAGTTAAGCTGGCTCA...
LOC131020063
ATGTCCATCTGTCCCAACGCTACAGAGGAAGAAAGCAATAATCCGATGTACGCGAGGGAGTTCCAGACGATGCTGGAGGGTTTGGAGGAGGAGGAATCGGGGCACGTGTCAGAGAAGAAACGGAGATTGAGCGTGGATCAGGTCAAGGCATTGGAGAAGAATTTCGAGGAATCGGGGCACGTGTCAGAGAAGAAACGGAGATTGAGCGTGGATCAGGTCAAGGCATTGGAGAAGAATTTCGAGGTCGAGAATAAGCTTGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057804687.1
MSICPNATEEESNNPMYAREFQTMLEGLEEEESGHVSEKKRRLSVDQVKALEKNFEEEESGHVSEKKRRLSVDQVKALEKNFEVENKLEPERKVKLAQELGLQPRQVAVWFQNRRARWKTKQLERDYSGLKASYDGLKLNFERLQRDNESLLKEIRELKSKLNGDDEEKTRLESEIGDAVLRRAGAAEERGRGRGLPRAEGEHKLADVDVGEVKEEDIHVRAGEIQARDGAGRYQAQAGQASGEAHCPGEGRALAARARA...
XP_057804688.1
MSICPNATEEESNNPMYAREFQTMLEGLEEEESGHVSEKKRRLSVDQVKALEKNFEEESGHVSEKKRRLSVDQVKALEKNFEVENKLEPERKVKLAQELGLQPRQVAVWFQNRRARWKTKQLERDYSGLKASYDGLKLNFERLQRDNESLLKEIRELKSKLNGDDEEKTRLESEIGDAVLRRAGAAEERGRGRGLPRAEGEHKLADVDVGEVKEEDIHVRAGEIQARDGAGRYQAQAGQASGEAHCPGEGRALAARARAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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