Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003199`

染色体: Chr04 坐标: 48837651-48843468 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003199`
名称	SmilChr04G003199
描述	uncharacterized SmilChr04G003199
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	48837651 - 48843468 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020102`
GeneID	`131020102`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020102`
原始查询	`LOC131020102`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833804]; symbol=AT5G38220; hit=AT5G38220; species=arabidopsis; confidence=high
产物	alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833804]; symbol=AT5G38220; hit=AT5G38220; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G38220` (AT5G38220) alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833804] identity=72.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0689800` (OsPOP3) - identity=66; qcov=1.08; evalue=3.78e-175; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00561 (Abhydrolase_1); PF03959 (FSH1); PF12146 (Hydrolase_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020102

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057804751.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804751.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804751.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804751.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057804751.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:48838126`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr4:48838189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B58
`Chr4:48838225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr4:48838303`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C56
`Chr4:48843194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B40,B72,C50,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804751.1

342 aa

171

342

Hydrolase_4

Abhydrolase_1

FSH1

PF12146 Hydrolase_4 67-175 aa PF00561 Abhydrolase_1 72-172 aa PF03959 FSH1 162-242 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804751.1`	Pfam	`PF12146`	Hydrolase_4	Domain	67	175	4.7e-14	53.0	Serine aminopeptidase, S33
`XP_057804751.1`	Pfam	`PF00561`	Abhydrolase_1	Domain	72	172	8.4e-10	39.4	alpha/beta hydrolase fold
`XP_057804751.1`	Pfam	`PF03959`	FSH1	Domain	162	242	0.00022	21.7	Serine hydrolase (FSH1)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009100609.1
CACAATTTTACTATCAAAAGACTTTAATTTAATACTACTTGAATTTCAATTTCAATCTAGTGTAATTTTACTCCAACGTTCGAAAATCCCGAGTCCCCATAAAACTACTAACGCCGCACTCCTTTGAAAATTCTGCTTACTTTTTTCCTTTACTCGGCCCTCTTCCACACGCGCCACCTCCCCGCGCCGGCCGCCTCTTCCCGGTTTCATTCTCCGAAAGGAGATCTCAATACGACTGCGGAAGTTGCTAGAGAAAAAGT...

XM_057948768.1
TATTGTAGATAGATATATAGATTTCACAATTTTACTATCAAAAGACTTTAATTTAATACTACTTGAATTTCAATTTCAATCTAGTGTAATTTTACTCCAACGTTCGAAAATCCCGAGTCCCCATAAAACTACTAACGCCGCACTCCTTTGAAAATTCTGCTTACTTTTTTCCTTTACTCGGCCCTCTTCCACACGCGCCACCTCCCCGCGCCGGCCGCCTCTTCCCGGTTTCATTCTCCGAAAGGAGATCTCAATACGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020102
ATGGGCGGGGTGACGTCATCGATCGCGGCTAAGTTCGCCTTCTTCCCGCCGAATCCGCCTTCGTACACGGTGGTGGCCGACGAGTCGCGCGGCGGAGCTCTTTGCATACCGGAGGTTCCGCAGAGGGAAGGCGTCGACGTCTTGAAGCTGAGGACGCGCCGGGGGAACGATGTGGTAGCTGTGTACATCAGCCACCCCAAGGCCACCGCTACGATGCTCTATTCCCACGGTAACGCCGCCGATTTAGGTCAGATGTATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804751.1
MGGVTSSIAAKFAFFPPNPPSYTVVADESRGGALCIPEVPQREGVDVLKLRTRRGNDVVAVYISHPKATATMLYSHGNAADLGQMYELFVEITLRLRINLMGYDYSGYGQSSGKPSECNTYTDIDAVYKCLKEKYGVKDEQLILYGQSVGSGPTIDLASRSPNLRGVVLHSPILSGLRVLYPVKRTYWFDIYKNIDKIGSIECPVLVIHGTSDEVVDCSHGKQLWELCKVKYEPLWINGGGHCNLELYPEFIKHLKKFVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器