当前解析结果
SmilChr01G001699| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001699 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001699 |
| 描述 | serine carboxypeptidase-like 51 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 31333524 - 31337181 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020119 |
|---|---|
| GeneID | 131020119 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020119 |
| 原始查询 | LOC131020119 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine carboxypeptidase-like 51 |
| 产物 | serine carboxypeptidase-like 51 |
| Arabidopsis | AT2G27920 (SCPL51)serine carboxypeptidase-like 51 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817336] identity=65.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0393700 (OsSCP18)- identity=62; qcov=0.952; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004185 (serine-type carboxypeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00450 (Peptidase_S10) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020119 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057804783.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057804783.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804783.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804783.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804783.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:31333927 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B63 |
Chr1:31333927 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B63 |
Chr1:31334548 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C54 |
Chr1:31334548 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C54 |
Chr1:31334645 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B136,B3,B52,B86,C15 |
Chr1:31334691 |
GCT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 149 | A11,A13,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A24,A25,A3,A5,A6,A8,A9,B1,B100,B101,B106,B107,B108,B11,B110,B111,B115,B118,B119,B12,B120,B123,B125,B126,B13,B130,B132,B134,B135,B136,B137,B139,B140,B15,B16,B19,B2,B20,B22,B25,B27,B30,B31,B33,B34,B35,B36,B37,B43,B48,B5,B52,B53,B54,B56,B58,B60,B62,B63,B64,B65,B68,B69,B70,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B84,B85,B87,B89,B90,B92,B93,B95,B98,B99,C1,C12,C13,C15,C16,C19,C2,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C3,C30,C31,C34,C35,C37,C45,C46,C47,C48,C50,C52,C53,C54,C59,C6,C60,C62,C63,C65,C70,C71,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C81,C82,C85,C87,C9,D10,D11,D4,D5,D6,D7,D8,D9 |
Chr1:31335336 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C15,D11 |
Chr1:31335462 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B23,B30,C19,C25 |
Chr1:31335927 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr1:31335942 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B134,B87 |
Chr1:31335942 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B134,B87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804783.1PF00450
Peptidase_S10 32-450 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804783.1 |
Pfam | PF00450 |
Peptidase_S10 | Domain | 32 | 450 | 5.9e-77 | 260.5 | Serine carboxypeptidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。