当前解析结果
SmilChr04G003227| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003227 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003227 |
| 描述 | loganic acid O-methyltransferase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 49092563 - 49094038 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131020127 |
|---|---|
| GeneID | 131020127 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020127 |
| 原始查询 | LOC131020127 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | loganic acid O-methyltransferase-like |
| 产物 | loganic acid O-methyltransferase-like |
| Arabidopsis | AT1G68040 (AT1G68040)S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843132] identity=39.3; qcov=1.05; evalue=5.73e-93; confidence=medium |
| Rice | Os04g0665200 (IAMT1)- identity=33.8; qcov=1.05; evalue=1.37e-58; confidence=low |
| GO | GO:0008757 (S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity); GO:0032259 (methylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03492 (Methyltransf_7) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020127 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057804791.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057804791.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804791.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804791.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804791.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:49092947 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,D7 |
Chr4:49093648 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr4:49093656 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B57,D11 |
Chr4:49093692 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B5,B79 |
Chr4:49093693 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B5,B79 |
Chr4:49093745 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B5,B78,B79 |
Chr4:49093787 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C55 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804791.1PF03492
Methyltransf_7 3-343 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804791.1 |
Pfam | PF03492 |
Methyltransf_7 | Domain | 3 | 343 | 2.6e-107 | 359.7 | SAM dependent carboxyl methyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。