Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003252

染色体: Chr04 坐标: 49262437-49264277 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003252
名称SmilChr04G003252
描述11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase A-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49262437 - 49264277 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020153
GeneID131020153
locus_tag-
NCBI NameLOC131020153
原始查询LOC131020153

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase A-like
产物11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase A-like
ArabidopsisAT5G50700 (HSD1)
hydroxysteroid dehydrogenase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835141]
identity=61.3; qcov=0.866; evalue=3.28e-162; confidence=high
RiceOs12g0464400 (OsEnS-150)
-
identity=52.3; qcov=0.849; evalue=1.63e-129; confidence=high
GOGO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG-
PfamPF00106 (adh_short); PF08659 (KR); PF13561 (adh_short_C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020153

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057804825.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057804825.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057804825.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804825.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804825.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49262651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B53,B66,C10
Chr4:49262681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B53,B66,C10
Chr4:49262850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr4:49263019 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B118
Chr4:49263019 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B118
Chr4:49263493 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:49263678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr4:49263866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C42,C60,D2
Chr4:49263868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C42,C60,D2
Chr4:49264156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,C70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804825.1
403 aa
N
1
202
403
adh_short
KR
adh_short_C2
C
PF00106 adh_short 102-291 aa PF08659 KR 104-265 aa PF13561 adh_short_C2 108-290 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804825.1 Pfam PF00106 adh_short Domain 102 291 4e-47 160.9 short chain dehydrogenase
XP_057804825.1 Pfam PF08659 KR Family 104 265 2.3e-13 51.2 KR domain
XP_057804825.1 Pfam PF13561 adh_short_C2 Domain 108 290 2.2e-32 113.3 Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948842.1
ATGAATTGAAGAAAGAATTTATAAGGAAAGGCAGCGAAATCTAGAATGGGCGTTCAGAAACGTGAAGAGATAGAGTTTGGGATGAAAATGGCACCGCTTCATGCATCCAAATACGTGTCACCATCCATACATGCAGCAGTGCCACCAACCCTCCTATCCTATTTACACTTGCATATATCATCATCATCATCATCATCAACCTTCATTTTCATTTCCGATCATTCTCATCTATCTTTCGTTTTGGCCTAAATCTGCAACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020153
ATGCATCCAAATACGTGTCACCATCCATACATGCAGCAGTGCCACCAACCCTCCTATCCTATTTACACTTGCATATATCATCATCATCATCATCATCAACCTTCATTTTCATTTCCGATCATTCTCATCTATCTTTCGTTTTGGCCTAAATCTGCAACCATGCTCGAACTAATCCACGCCTTTCTCAACCTCACTGCTCCACCATTAACCTACTTCTCCCTCATGCTTTTCCTCCCACCTTTCCAAATCTTCAAGTTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804825.1
MHPNTCHHPYMQQCHQPSYPIYTCIYHHHHHHQPSFSFPIILIYLSFWPKSATMLELIHAFLNLTAPPLTYFSLMLFLPPFQIFKFFLSIFGTLFSEDVYGKVVLITGASSGIGESLAYEYAKRGACLVLAARRERSLQEVADTARYLGSPDVLVIRADVSKVDDCRRIVDQTMNHFGRLDHLVNNAGVTSVALLEEVDDVTDFRAIMDVNFWGSVYMTRFAAPYLRHSRGRVVVLSSSASWLPAPRLSFYNASKAAMAQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器