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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003268

染色体: Chr04 坐标: 49385416-49388738 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003268
名称SmilChr04G003268
描述gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49385416 - 49388738 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020169
GeneID131020169
locus_tag-
NCBI NameLOC131020169
原始查询LOC131020169

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
产物gamma carbonic anhydrase-like 2%2C mitochondrial
ArabidopsisAT5G63510 (GAMMA CAL1)
gamma carbonic anhydrase like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836470]
identity=76.7; qcov=1.01; evalue=2.15e-140; confidence=high
RiceOs02g0508000
-
identity=79.7; qcov=0.825; evalue=2.95e-128; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020169

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057804839.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057804839.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.40000 XP_057804839.1
4 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.40000 XP_057804839.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804839.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49386005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,C32,C68
Chr4:49388458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,C32,C68
Chr4:49388509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr4:49388532 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B63,C12,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948856.1
AATCGGGTTGCAACTGAAACACAGTATTGGGCGATGAAGATCCCGGATCCAAGTCGGCCCGCTTCCCGACACCCTACACTACAGTCTACAGAGCTCCAACTCCATTTGCATTTCCATTTCTATTTCTCTCCCAACTCTCTCTCTAATTACTAAACAAATCGAAAAAAATGGCAGCAATAACCCGATTATCTAGAAGACTATTGGCCCGCAGGCTCTCCACCTCGGTTCCGGGCCGGGCTTTCTCAGCTCAATCGGCTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020169
ATGGCAGCAATAACCCGATTATCTAGAAGACTATTGGCCCGCAGGCTCTCCACCTCGGTTCCGGGCCGGGCTTTCTCAGCTCAATCGGCTGAAAAAGTGACTCCACCGGCTCCGCTCATCAGGGAGTCACCGGATCGAGTGAAATGGGACTACCGGGGCCAGAGAAAGACCATACCTTTGGGGCAGTGGGCCCCCAAGATCGCCGTAGACGCTTACGTCGCGCCCAACGTCGTCTTGGCCGGCCAAGTGGTCGTCTGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804839.1
MAAITRLSRRLLARRLSTSVPGRAFSAQSAEKVTPPAPLIRESPDRVKWDYRGQRKTIPLGQWAPKIAVDAYVAPNVVLAGQVVVWDGASVWNGAVLRGDLNKISVGFCSNVQERCVVHAAWSSPTGLPAETLIERFVTIGAYSLLRSCTIEPECIVGQHSILMEGSMMETHSILEAGSVVPPGRRIPSGELWAGNPAKFVRALTHEETLEIPKLAVAINDLSRSYCSEFLPYSTVYLEVEKLKKSLGISI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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