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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003271

染色体: Chr04 坐标: 49406301-49408396 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003271
名称SmilChr04G003271
描述thylakoid lumenal 17.9 kDa protein, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49406301 - 49408396 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020174
GeneID131020174
locus_tag-
NCBI NameLOC131020174
原始查询LOC131020174

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述thylakoid lumenal 17.9 kDa protein, chloroplastic
产物thylakoid lumenal 17.9 kDa protein%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G24930 (AT4G24930)
thylakoid lumenal 17.9 kDa protein, chloroplast [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828595]
identity=59; qcov=0.833; evalue=5.7e-75; confidence=high
RiceOs01g0102300 (OsTLP27)
-
identity=51.3; qcov=0.65; evalue=3.15e-43; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020174

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057804845.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057804845.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.40000 XP_057804845.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804845.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804845.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49406589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,C42,C60,D2
Chr4:49407786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B45,B97,C86
Chr4:49407869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948862.1
CAATATAACTTACAAAAAATAAATACATTTTCGATTTCACTTCACTGTATTATTATATCTCTAGATTTTTGGATCTTTAGTCAAAATGCATCGAGTCATTTTAGTAATTGAGATTTGTTGTCCTAAGCTTTTGAAGTATTTCACAAATTTATTTTGTATTGCTCTGTTTTTCTCCTCGTGAGTGTATGTTTGTTGTGGAGAAACTTGTATCCTTTATTTTGATAAGTAACGCAATTTCATATACAGCGACTTTGTTTAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020174
ATGATGATATTGGGTCACCTTCTCCATCATATTTCCCCTGTATTTCCCATTTCAAAACCCACCCCAAAATTGTCTTGTAAATTTAGTGTTGATTGCATCAACAATATCGATAAATATTCTACTAAACCCACAATTAATTGGTCTAGTAACCTAATCTCCTTTGCAATTGCTGTGGCCCTTGTTGCTCCACTCCCATCTTCAGCAATCCCATTCCCTTCTTTCGATTCCAAATCTTCTTCAACAACCACACCTTTTTCACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804845.1
MMILGHLLHHISPVFPISKPTPKLSCKFSVDCINNIDKYSTKPTINWSSNLISFAIAVALVAPLPSSAIPFPSFDSKSSSTTTPFSQAQNLPTGLENGKIRPCPSINPGCVSSNPKSSSFSFPWRIEGYSSSGAAIQQLQDAILKTQKNAKIQLVEDTPTGQYLQAEVDGGFGGRDVMEFLVNADVVSYRAMATKVTYVYPFTTALGDSKGQEARLQQIIDELGWYAPRFDLMD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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