当前解析结果
SmilChr04G003294| 统一新 Gene ID | SmilChr04G003294 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr04G003294 |
| 描述 | aldehyde oxidase GLOX |
| 染色体 / SeqID | Chr04 / NC_080390.1 |
| 坐标与链方向 | 49659826 - 49661796 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131020190 |
|---|---|
| GeneID | 131020190 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131020190 |
| 原始查询 | LOC131020190 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | aldehyde oxidase GLOX |
| 产物 | aldehyde oxidase GLOX |
| Arabidopsis | AT3G57620 (AT3G57620)glyoxal oxidase-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824931] identity=62.3; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0258900- identity=53.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07250 (Glyoxal_oxid_N); PF09118 (GO-like_E_set) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131020190 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057804866.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057804866.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057804866.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057804866.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057804866.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr4:49659949 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B128,B16 |
Chr4:49659949 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B128,B16 |
Chr4:49660439 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B102,B132,B3,B61,C84 |
Chr4:49660514 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,A16,B110,B15 |
Chr4:49660802 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B90,B92,C87 |
Chr4:49661116 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,D11 |
Chr4:49661337 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B90,B92,C87 |
Chr4:49661554 |
G |
GAT |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B75,C40 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057804866.1PF07250
Glyoxal_oxid_N 56-440 aa
PF09118
GO-like_E_set 449-552 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057804866.1 |
Pfam | PF07250 |
Glyoxal_oxid_N | Repeat | 56 | 440 | 1.9e-188 | 626.6 | Glyoxal oxidase N-terminus |
XP_057804866.1 |
Pfam | PF09118 |
GO-like_E_set | Domain | 449 | 552 | 2.6e-26 | 92.5 | Galactose oxidase-like, Early set domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。