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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003295

染色体: Chr04 坐标: 49665738-49666697 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003295
名称SmilChr04G003295
描述uncharacterized SmilChr04G003295
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49665738 - 49666697 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020192
GeneID131020192
locus_tag-
NCBI NameLOC131020192
原始查询LOC131020192

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020192

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057804867.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057804867.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804867.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804867.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804867.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49665954 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C26
Chr4:49666009 A ACT 2bp_insertion frameshift_variant 44 A10,A13,A23,A25,A5,A7,B103,B106,B11,B115,B120,B18,B22,B29,B3,B31,B36,B38,B39,B40,B45,B65,B66,B67,B71,B8,B86,B9,C13,C14,C16,C17,C26,C4,C47,C48,C50,C51,C54,C56,C61,C76,C80,D3
Chr4:49666232 G GGT 2bp_insertion CDS_variant 2 B75,C40
Chr4:49666486 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 22 A24,B106,B123,B127,B133,B136,B14,B25,B37,B63,B76,B9,B95,C17,C28,C33,C35,C39,C45,C6,C62,C7
Chr4:49666498 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 4 B108,C15,C51,C77
Chr4:49666498 AAG A 2bp_deletion CDS_variant 4 B108,C15,C51,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948884.1
TAAGGTAGGCCTAAGAAACAGGAAAAATCCGCAATTGAAGCAGATTCGGTTAGTTTGTCCATTTTGTGGGCGTGGGCGTGTGTGAGTGCATTTTGGCGTTTGCAGGTGGATGATGTGATGACGATGATGGGGTGCAAATTTTCCGAGGGAGCCGTGTTCCGGCGGATGAGGCTTCGGCCGCTCCTCCTCCAACAGGTTGCAGCCATGAGGGCATGCCGCCCTTCCAAAAAGAGCCTTCTTTTGGAACAAAAACCTTCCGT...
XM_057948885.1
TAAGGTAGGCCTAAGAAACAGGAAAAATCCGCAATTGAAGCAGATTCGGTTAGTTTGTCCATTTTGTGGGCGTGGGCGTGTGTGAGTGCATTTTGGCGTTTGCAGGTGGATGATGTGATGACGATGATGGGGTGCAAATTTTCCGAGGGAGCCGTGTTCCGGCGGATGAGGCTTCGGCCGCTCCTCCTCCAACAGGTTGCAGCCATGAGGGCATGCCGCCCTTCCAAAAAGAGCCTTCTTTTGGAACAAAAACCTTCCGT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131020192
ATGACGATGATGGGGTGCAAATTTTCCGAGGGAGCCGTGTTCCGGCGGATGAGGCTTCGGCCGCTCCTCCTCCAACAGGTTGCAGCCATGAGGGCATGCCGCCCTTCCAAAAAGAGCCTTCTTTTGGAACAAAAACCTTCCGTCACCAATTCCCACCTTGCACAACCTCAAGACAGAATGATCAGCGCCTGTCCCTCATCGCCCAGTTTCCGAATATTTTTCGAGGATGCTGCTACACATGCCCATCAACAACAAATTGG...
LOC131020192
ATGACGATGATGGGGTGCAAATTTTCCGAGGGAGCCGTGTTCCGGCGGATGAGGCTTCGGCCGCTCCTCCTCCAACAGGTTGCAGCCATGAGGGCATGCCGCCCTTCCAAAAAGAGCCTTCTTTTGGAACAAAAACCTTCCGTCACCAATTCCCACCTTGCACAACCTCAAGACAGAATGATCAGCGCCTGTCCCTCATCGCCCAGTTTCCGAATATTTTTCGAGGATGCTGCTACACATGCCCATCAACAACAAATTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057804867.1
MTMMGCKFSEGAVFRRMRLRPLLLQQVAAMRACRPSKKSLLLEQKPSVTNSHLAQPQDRMISACPSSPSFRIFFEDAATHAHQQQIGKNEAHDAAPSKQEKSVQKKVKRKMKRHIKSAMRKRREAVKKLTMEAHHYF
XP_057804868.1
MTMMGCKFSEGAVFRRMRLRPLLLQQVAAMRACRPSKKSLLLEQKPSVTNSHLAQPQDRMISACPSSPSFRIFFEDAATHAHQQQIGKNEAHDAAPSKEKSVQKKVKRKMKRHIKSAMRKRREAVKKLTMEAHHYF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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