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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003300

染色体: Chr04 坐标: 49713718-49715006 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003300
名称SmilChr04G003300
描述bidirectional sugar transporter SWEET13-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向49713718 - 49715006 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020198
GeneID131020198
locus_tag-
NCBI NameLOC131020198
原始查询LOC131020198

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bidirectional sugar transporter SWEET13-like
产物bidirectional sugar transporter SWEET13-like
ArabidopsisAT5G50790 (SWEET10)
Nodulin MtN3 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835151]
identity=58.6; qcov=0.954; evalue=3.94e-85; confidence=high
RiceOs12g0476200 (SWEET13)
-
identity=63.2; qcov=1.01; evalue=5.76e-93; confidence=high
GOGO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF03083 (MtN3_slv)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020198

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 0.60000 XP_057804876.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057804876.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057804876.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804876.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804876.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:49714163 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 12 A14,A16,B1,B119,B127,B27,B42,B43,C22,C24,C78,D5
Chr4:49714290 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C58
Chr4:49714290 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C58
Chr4:49714535 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 6 B107,B128,B2,B76,C16,C27
Chr4:49714557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B125,B90,B92,C87
Chr4:49714863 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr4:49714898 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 32 A22,B1,B10,B109,B112,B25,B26,B33,B4,B51,B59,B70,B75,B82,B84,B85,B86,B89,C19,C20,C21,C46,C50,C56,C59,C65,C73,C74,C8,C81,C82,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804876.1
218 aa
N
1
109
218
MtN3_slv
MtN3_slv
C
PF03083 MtN3_slv 11-96 aa PF03083 MtN3_slv 130-213 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804876.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 11 96 4.2e-51 171.6 Sugar efflux transporter for intercellular exchange
XP_057804876.1 Pfam PF03083 MtN3_slv Repeat 130 213 4.2e-51 171.6 Sugar efflux transporter for intercellular exchange

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948893.1
ATGGCAGGTTTCTCTTGGCAATGGGCTTTCGCATTTGGACTACTTGGTAATATAGTGTCGTTCATGGTGTTTCTTTCTCCAATACCAACATTCTATGCAATCTACAAGAGGAAAACAAGCGAAGGTTATCAATCAATTCCATATGTGGTGGCACTGTTTAGCTCAATGCTTTGGATTTTCTACGCATTTCTCAAGTCCAACACCACTCTTCTCATTACCATTAACTCTTTTGGTTGTTTCATTGAGACCATTTACGTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020198
ATGGCAGGTTTCTCTTGGCAATGGGCTTTCGCATTTGGACTACTTGGTAATATAGTGTCGTTCATGGTGTTTCTTTCTCCAATACCAACATTCTATGCAATCTACAAGAGGAAAACAAGCGAAGGTTATCAATCAATTCCATATGTGGTGGCACTGTTTAGCTCAATGCTTTGGATTTTCTACGCATTTCTCAAGTCCAACACCACTCTTCTCATTACCATTAACTCTTTTGGTTGTTTCATTGAGACCATTTACGTTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804876.1
MAGFSWQWAFAFGLLGNIVSFMVFLSPIPTFYAIYKRKTSEGYQSIPYVVALFSSMLWIFYAFLKSNTTLLITINSFGCFIETIYVCFYLFYAPNKVQTLKMIVLLIICGFGLIVVSTMFLVRPSQRAMVVGWICLVFSLCVFVAPLCILRRVIQSESVEYMPFLLSLFLTLSAVMWFFYGLLIKDYNVAVPNVVGFSFGVLQMALYVRYKNCGEVEY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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