Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003325`

染色体: Chr04 坐标: 49978204-49979900 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003325`
名称	SmilChr04G003325
描述	loganic acid O-methyltransferase-like
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	49978204 - 49979900 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020222`
GeneID	`131020222`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020222`
原始查询	`LOC131020222`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	loganic acid O-methyltransferase-like
产物	loganic acid O-methyltransferase-like
Arabidopsis	`AT1G68040` (AT1G68040) S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843132] identity=39.5; qcov=1.05; evalue=1.2e-92; confidence=medium
Rice	`Os04g0665200` (IAMT1) - identity=34.1; qcov=1.05; evalue=1.04e-58; confidence=low
GO	GO:0008757 (S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity); GO:0032259 (methylation)
KEGG	-
Pfam	PF03492 (Methyltransf_7)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020222

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057804902.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057804902.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057804902.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057804902.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057804902.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:49978848`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A3
`Chr4:49978848`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A3
`Chr4:49979001`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr4:49979156`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B122,B70,B94
`Chr4:49979160`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B131
`Chr4:49979160`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B131
`Chr4:49979187`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,B7
`Chr4:49979266`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B137,C12
`Chr4:49979266`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B137,C12
`Chr4:49979270`	`C`	`CTG`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B137,C12
`Chr4:49979270`	`C`	`CTG`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B137,C12
`Chr4:49979295`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804902.1

343 aa

172

343

Methyltransf_7

PF03492 Methyltransf_7 3-343 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057804902.1`	Pfam	`PF03492`	Methyltransf_7	Domain	3	343	1.3e-107	360.7	SAM dependent carboxyl methyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057948919.1
ATCAGACTGGAGAAATAATTGAATACTTGTAATCTACTACGTTCCGAAATTCAATTCACAAATAAAAATTCAAGAGGTTTAATAAATTTTTTTCCTTATTTGTCCTGGGTGAAATGTAGGTGTTTGTGTCCTTGGAAAAATGAAAAAGTCAAGTATACTGAATTTGACCCATAATCCCAGATCCCATCCAAAAAGAAAAAAAGAAAAGCTAAGCCACCCAACTCTGACTTCATTGCTACTGATGAGTCATATTAAGGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131020222
ATGGAGGAAACTTTTCCAATGAATGGTGGAGATTCTGCTTACAGTTACACCAAAAACTCCAAATATCAGAAACTAGCGTCCGATGCAGTGAAGGAAATGATCCAAGAAGCAGTGATTGAGAAACTAGACACGGAATCAATGTCGAGCACAGTGGCGATAGCAGATTTGGGGTGTTCGGTTGGCCCAAACACTTTCTTCACCGTTCAAAATCTGATGGAAGCAGTTGAAGCCAAGTGGGGTTCCAAAAACAAGCTGGAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057804902.1
MEETFPMNGGDSAYSYTKNSKYQKLASDAVKEMIQEAVIEKLDTESMSSTVAIADLGCSVGPNTFFTVQNLMEAVEAKWGSKNKLEFQVFFNDHSANDFNTLFASLPADRQYHAAGVPGSFHGRLFPRNSITLAHSSYALQWLSKQPQGVPNEGRIHYTGASEDVVRAYLDQYEKDLGVFMSARAEEIVRGGLLILVVPASPDGASHSDQPAGVLFSYLGHSLMDLANEGVVDKAKIDGFNLPIYAPTVGEMRRVIEKNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器