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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003336

染色体: Chr04 坐标: 50034402-50037979 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003336
名称SmilChr04G003336
描述protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 2, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向50034402 - 50037979 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020232
GeneID131020232
locus_tag-
NCBI NameLOC131020232
原始查询LOC131020232

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 2, chloroplastic-like
产物protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 2%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT3G20320 (ABCI15)
trigalactosyldiacylglycerol2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821576]
identity=73; qcov=0.951; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0974000 (OsABCI11)
-
identity=69.1; qcov=0.797; evalue=8.8e-154; confidence=high
GOGO:0005319 (lipid carrier activity); GO:0005543 (phospholipid binding); GO:0009706 (chloroplast inner membrane)
KEGG-
PfamPF02470 (MlaD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057804915.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057804915.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.40000 XP_057804915.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804915.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804915.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:50036763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804915.1
385 aa
N
1
192
385
MlaD
C
PF02470 MlaD 133-207 aa
XP_057804916.1
385 aa
N
1
192
385
MlaD
C
PF02470 MlaD 133-207 aa
XP_057804917.1
385 aa
N
1
192
385
MlaD
C
PF02470 MlaD 133-207 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804915.1 Pfam PF02470 MlaD Domain 133 207 1.2e-17 64.6 MlaD protein
XP_057804916.1 Pfam PF02470 MlaD Domain 133 207 1.2e-17 64.6 MlaD protein
XP_057804917.1 Pfam PF02470 MlaD Domain 133 207 1.2e-17 64.6 MlaD protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100638.1
TAATTATTGAAGTTTGGGCTTGGATTTAAAAGAAAAGCTCAAATACGAGTAGGCTCGGGCCAGGATTAAGCCGGCCGAATACGAGTAGGCCCGGCCCAGTTGACAGTCTTCCTCCTAAACTCATCGCACCGCCGCGGCCATTTCCCTGCACAGGCCTCAGTTCTCCTCAGACGATAAAACCTTATTCACGGACAGGGCTGAGACTGAGAGTTTCTCTTCTCATCGCGAATCGAAATGAAAGAGGAACATTAGCTCCCCTC...
XR_009100639.1
AATTATTGAAGTTTGGGCTTGGATTTAAAAGAAAAGCTCAAATACGAGTAGGCTCGGGCCAGGATTAAGCCGGCCGAATACGAGTAGGCCCGGCCCAGTTGACAGTCTTCCTCCTAAACTCATCGCACCGCCGCGGCCATTTCCCTGCACAGGCCTCAGTTCTCCTCAGACGATAAAACCTTATTCACGGACAGGGCTGAGACTGAGAGTTTCTCTTCTCATCGCGAATCGAAATGAAAGAGGAACATTAGCTCCCCTCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131020232
ATGGAAACGAATTCCTTGCTTTCCGTTTCCAGAAGCCCCGCCCTTGTGAGATCACATTGTGTGAAACCTACTTCAGGGCATGGTGCATTGAGTTACTTGCCATGTCTGACTACCCCTATTAGACATAAGAAGAGAACAGCTCTTACTATCAGAGCCACTTCATCTGCTGATGCGGGTAGTGCGTCATCTTCTGAATCAAAGAGTCTGCTCTCGCTGGTTCTGGATGTTCCTCGGGCAATCTGGAAGCAAACTTTAAAACC...
LOC131020232
ATGGAAACGAATTCCTTGCTTTCCGTTTCCAGAAGCCCCGCCCTTGTGAGATCACATTGTGTGAAACCTACTTCAGGGCATGGTGCATTGAGTTACTTGCCATGTCTGACTACCCCTATTAGACATAAGAAGAGAACAGCTCTTACTATCAGAGCCACTTCATCTGCTGATGCGGGTAGTGCGTCATCTTCTGAATCAAAGAGTCTGCTCTCGCTGGTTCTGGATGTTCCTCGGGCAATCTGGAAGCAAACTTTAAAACC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057804915.1
METNSLLSVSRSPALVRSHCVKPTSGHGALSYLPCLTTPIRHKKRTALTIRATSSADAGSASSSESKSLLSLVLDVPRAIWKQTLKPLSDFGFGGKSVWEGGVGLFLISGAFLLAFSLAWLRGFQLRSKFNKYLAAIEFDQASGICTGTPVRIRGVNVGNVIRVNPSLRNIEAIVEIEDDKVIIPRNSVVEVNQSGLLMETLIDITPQDPIPVPSAGPLHAGCVKEGLIVCDRQKIKGRQGVSLDALVGIFTRIGREVEG...
XP_057804916.1
METNSLLSVSRSPALVRSHCVKPTSGHGALSYLPCLTTPIRHKKRTALTIRATSSADAGSASSSESKSLLSLVLDVPRAIWKQTLKPLSDFGFGGKSVWEGGVGLFLISGAFLLAFSLAWLRGFQLRSKFNKYLAAIEFDQASGICTGTPVRIRGVNVGNVIRVNPSLRNIEAIVEIEDDKVIIPRNSVVEVNQSGLLMETLIDITPQDPIPVPSAGPLHAGCVKEGLIVCDRQKIKGRQGVSLDALVGIFTRIGREVEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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