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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001740

染色体: Chr01 坐标: 32041940-32046946 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001740
名称SmilChr01G001740
描述nucleobase-ascorbate transporter 12
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向32041940 - 32046946 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020269
GeneID131020269
locus_tag-
NCBI NameLOC131020269
原始查询LOC131020269

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nucleobase-ascorbate transporter 12
产物nucleobase-ascorbate transporter 12
ArabidopsisAT2G27810 (NAT12)
nucleobase-ascorbate transporter 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817328]
identity=71.4; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0857500
-
identity=79.3; qcov=0.344; evalue=5.86e-139; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00860 (Xan_ur_permease)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020269

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057804966.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804966.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804966.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804966.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804966.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:32042693 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr1:32042709 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:32043349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:32044449 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,C51
Chr1:32044956 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr1:32044968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B133,B28,B7
Chr1:32045083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr1:32046153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B95,C34
Chr1:32046164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B41,C71
Chr1:32046516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804966.1
717 aa
N
1
358
717
Xan_ur_permease
C
PF00860 Xan_ur_permease 193-610 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804966.1 Pfam PF00860 Xan_ur_permease Family 193 610 1.5e-67 228.7 Permease family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948983.1
AGAATGGATAGAGAGAGCGGTGTTAGTAGTACTGTACAGTAAACGCGGTTGCCCCAACCCTTTCCTTTAAACTCATTACTTCTCTCTCCCTTGTCCTAACTCTCCCTTCTCTCTCACACACCACACGCACTTCATCTCTCTCGCTGCACTTCAAAGCCTCTACTACAGATCTTCTCTCCACACTCTAAAACCCTAACAATCTCCTCAGATCTACTCCCGCATTCCACTCCATCTTCTCAATTATATGTGCTCTCTTGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020269
ATGGCGAGCTCAGACCCGACCAAGAGGCCCCCCTGGCCGCCGGCGCCGGACTCCGCCGCAATGCCGCCGTCGTCCTGGGCCAAACGCACCGGCTTCCGCCCCAAATTTTCCGGCGAGACCAACGCCAGCGACTCAGGCCAAATTACCGCCCTGCCGCCGCCGGAGCCGCCGGCGCCGTCGTCCCAGGCTAAGTCAAAACCGCCGAATTCTAATCTGGACCTCGAAGCCGGGCGGCCGCGGCCCGGTCCGAATTCAAACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804966.1
MASSDPTKRPPWPPAPDSAAMPPSSWAKRTGFRPKFSGETNASDSGQITALPPPEPPAPSSQAKSKPPNSNLDLEAGRPRPGPNSNGEAAVATARDRDRDRDRAKEKEEKERKEKEKEKELTPPVRKRRDSDGGKNLGANGGDGSRRAVRNEDAAAAADVLPQSVMDDDGFISRQSHMKYELRDSPGLVPIGLYGFQHFLSMLGSLILIPLVLVPAMGGTHEDTANVVSTVLFMSGVTTLLHISFGSRLPLIQGPSFVYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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