Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003373

染色体: Chr04 坐标: 50294456-50296241 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003373
名称SmilChr04G003373
描述protein ASPARTIC PROTEASE IN GUARD CELL 1-like
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向50294456 - 50296241 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020271
GeneID131020271
locus_tag-
NCBI NameLOC131020271
原始查询LOC131020271

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ASPARTIC PROTEASE IN GUARD CELL 1-like
产物protein ASPARTIC PROTEASE IN GUARD CELL 1-like
ArabidopsisAT1G25510 (AT1G25510)
Eukaryotic aspartyl protease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839137]
identity=52.7; qcov=0.998; evalue=4.18e-161; confidence=high
RiceOs01g0140100
-
identity=56; qcov=0.904; evalue=5.07e-148; confidence=high
GOGO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF00026 (Asp); PF14541 (TAXi_C); PF14543 (TAXi_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020271

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057804968.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057804968.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057804968.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804968.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804968.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:50295082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B31,C15,C2,C77
Chr4:50295104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,A7,B125,B35,C23
Chr4:50295109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B28,C27,C78,C85
Chr4:50295132 TG * 1bp_deletion CDS_variant 1 C78
Chr4:50295161 TG * 1bp_deletion CDS_variant 1 C78
Chr4:50295451 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr4:50295644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B28,B30,C49,C6
Chr4:50295887 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,C10
Chr4:50295901 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr4:50295915 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C24,C78,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057804968.1
470 aa
N
1
235
470
Asp
TAXi_N
TAXi_C
C
PF00026 Asp 133-467 aa PF14543 TAXi_N 134-293 aa PF14541 TAXi_C 317-466 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057804968.1 Pfam PF00026 Asp Domain 133 467 1.3e-17 65.0 Eukaryotic aspartyl protease
XP_057804968.1 Pfam PF14543 TAXi_N Domain 134 293 2.1e-48 165.5 Xylanase inhibitor N-terminal
XP_057804968.1 Pfam PF14541 TAXi_C Domain 317 466 1.9e-34 119.5 Xylanase inhibitor C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057948985.1
AAAAACATAAGTTAGAAACCAAATCCAAATGTTCCAATTGTATTAATTACGATTTTCTAATTAATGTTAAAAATGTAGTCATAAAATTATTTTTGCGAGAGAGAGAAAACATTTATACTTAGTAATTAAAGATAATATACGATCCCGTTGCGGCTGCCGCTGCTCTGCTTCATCTCCTCCACTGCTTTATAAATCCAACTCCTTTACCTTTACAAACAAACAAACAAAACCATGGCCTCTCTCACTGTCTCTCTCTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020271
ATGGCCTCTCTCACTGTCTCTCTCTCCTCCTGCATTCTCTTCTCTCTCATCCTCATCTCCTCCTCCTCCGACGACCAACAATTCGATTTCCTCGACGCCGCCGCCACGCTCCACCAAGCTCGTCAAGTCTTCTCTCCAAACCTCGCGGCAAACACTCCAGCGACCGTACAGCTGCTCCCCTCTCTCTCTCTAAGCCTCCACCCTCGCTCCTCCCTCCGTTCCGCCCCCACCACCACCGCCAACTACACCGCCCTCACTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804968.1
MASLTVSLSSCILFSLILISSSSDDQQFDFLDAAATLHQARQVFSPNLAANTPATVQLLPSLSLSLHPRSSLRSAPTTTANYTALTLSRLARDEARVQSLLLRHSLALSGSSEFSPQQFQSPVTSGIRLGSGEYFARIGVGRPAKDFYMVIDSGSDISWLQCLPCADCYNQTDPIFNPSASATYRPVSCAAPQCSALEVSACRTDACLYQVSYGDGSYTVGSFATETVSFGASGSVPNVAIGCGHHNEGLFAGAAGLLGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器