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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr04G003419

染色体: Chr04 坐标: 50778871-50782878 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr04G003419
名称SmilChr04G003419
描述uncharacterized SmilChr04G003419
染色体 / SeqIDChr04 / NC_080390.1
坐标与链方向50778871 - 50782878 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131020285
GeneID131020285
locus_tag-
NCBI NameLOC131020285
原始查询LOC131020285

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0214900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0214900; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT3G26850 (AT3G26850)
histone-lysine N-methyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822300]
identity=58.8; qcov=0.14; evalue=2.55e-35; confidence=weak
RiceOs03g0214900
-
identity=41.1; qcov=0.336; evalue=9.24e-41; confidence=low
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131020285

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057804989.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057804989.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057804989.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057804989.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057804989.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr4:50778974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C87
Chr4:50778977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr4:50779423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr4:50779461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B28,C32,C68
Chr4:50779522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B99,C8
Chr4:50779536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr4:50779808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,C15,C51,C77
Chr4:50779835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr4:50779976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B9,C15,C51,C77
Chr4:50780394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr4:50780592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr4:50780790 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B28,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009100659.1
ATGAAAACTGATAAACCGAAGGTAGATGAATTTGGTAGATTGATTAGGGAAGATGTTAGTGACAGCGACACAAGTGATTCACCACGTCATGTGCGGAGGCATGCGAGAAGAACCAGAAAAAGGAGTCGAAGTCAAAGCAGAAGTCGGTCACCTCATGATAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGTCCATGGAGGAGAAACGAGAGGCGTGGGCGCTCTCGCAGTTTGTCTCCAAGGAGAAGAAGTAGGAGTCGGTCACCTGTTTT...
XM_057949006.1
ATGAAAACTGATAAACCGAAGGTAGATGAATTTGGTAGATTGATTAGGGAAGATGTTAGTGACAGCGACACAAGTGATTCACCACGTCATGTGCGGAGGCATGCGAGAAGAACCAGAAAAAGGAGTCGAAGTCAAAGCAGAAGTCGGTCACCTCATGATAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGTCCATGGAGGAGAAACGAGAGGCGTGGGCGCTCTCGCAGTTTGTCTCCAAGGAGAAGAAGTAGGAGTCGGTCACCTGTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131020285
ATGAAAACTGATAAACCGAAGGTAGATGAATTTGGTAGATTGATTAGGGAAGATGTTAGTGACAGCGACACAAGTGATTCACCACGTCATGTGCGGAGGCATGCGAGAAGAACCAGAAAAAGGAGTCGAAGTCAAAGCAGAAGTCGGTCACCTCATGATAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGTCCATGGAGGAGAAACGAGAGGCGTGGGCGCTCTCGCAGTTTGTCTCCAAGGAGAAGAAGTAGGAGTCGGTCACCTGTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057804989.1
MKTDKPKVDEFGRLIREDVSDSDTSDSPRHVRRHARRTRKRSRSQSRSRSPHDRRRRRRSPWRRNERRGRSRSLSPRRRSRSRSPVLRRDTEFSGDKLRREKSQLPECFDFLRGKCYRGSNCRYSHHESDKGERSKYSRGKHHNWDAPPTLRSPDFHEDGKVLGEKEMNDKGRRLSQDMPDLWEAKDSKRLPIDSASQSPDKMENLSGYPAHDTPSDKHYYLIPQSAAKYSDKIPQIVDQQGKRTDDSLPSDSSLAQLLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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