Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr04G003417`

染色体: Chr04 坐标: 50767742-50771038 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr04G003417`
名称	SmilChr04G003417
描述	protein SPIRAL1-like 1
染色体 / SeqID	Chr04 / NC_080390.1
坐标与链方向	50767742 - 50771038 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131020313`
GeneID	`131020313`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131020313`
原始查询	`LOC131020313`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein SPIRAL1-like 1
产物	protein SPIRAL1-like 1
Arabidopsis	`AT1G26355` (SP1L1) SPIRAL1-like1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240366] identity=67.5; qcov=0.983; evalue=1.23e-44; confidence=medium
Rice	`Os12g0502000` - identity=55.7; qcov=0.891; evalue=9.03e-29; confidence=medium
GO	GO:0010005 (cortical microtubule, transverse to long axis); GO:0043622 (cortical microtubule organization)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131020313

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057805030.1`
2	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057805030.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057805030.1`
4	Pseudopodium	Pseudopodium	0.20000	`XP_057805030.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057805030.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr4:50769783`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,B68,C48
`Chr4:50769814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B90,B92,C87
`Chr4:50769892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A25,B36
`Chr4:50769934`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B12,B55,B99,C72
`Chr4:50769984`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,B138

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057949047.1
TGGCTTCCACTTATCCATCAACTTCAACTACGATATTTATAATATTCATACACAAATATACTATTTATTTATTTTTTTAGAGCTGACAAACAACATTAGCTAAACGGAGTAAAATAAATAAATAAAACTGAAAATATACTACTCCTAATTTGTAATTCAAAATCAGACGTCATTATAATTTTGCATCTACATATATACAGTGGCAGTAGTATTCTTCACTCTCCCCACTTGCTATCTTCTCTCCGCAGATCAGATCTGAT...

XM_057949048.1
TCCACTTATCCATCAACTTCAACTACGATATTTATAATATTCATACACAAATATACTATTTATTTATTTTTTTAGAGCTGACAAACAACATTAGCTAAACGGAGTAAAATAAATAAATAAAACTGAAAATATACTACTCCTAATTTGTAATTCAAAATCAGACGTCATTATAATTTTGCATCTACATATATACAGTGGCAGTAGTATTCTTCACTCTCCCCACTTGCTATCTTCTCTCCGCAGATCAGATCTGATCCGAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131020313
ATGGGTCGTGGAGTTAGCAGTGGTGGAGGGCAGAGTTCTCTGGGCTACCTTTTTGGAAGTGGGGAAGCACCTGCTCCAAAACCTGCCACGAACAATGGGCAGGCACCTGTTGAGAAGCCAGCCCCAGTTACTCGTGTGATACCAGAGAAGCAGCCTTCTGCTGCACCATCTTCTGCACCATCTGGTGACGCTCCAAAGCAGATTCCTGCTGGTATCCAGGGAAATCAGAAGAATAACTATTACCGTGCTGATGGCCAGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057805030.1
MGRGVSSGGGQSSLGYLFGSGEAPAPKPATNNGQAPVEKPAPVTRVIPEKQPSAAPSSAPSGDAPKQIPAGIQGNQKNNYYRADGQNTGNFLTDRPSTKVHAAPGGGSSLGYLFGGGSN

XP_057805031.1
MGRGVSSGGGQSSLGYLFGSGEAPAPKPATNNGQAPVEKPAPVTRVIPEKQPSAAPSSAPSGDAPKQIPAGIQGNQKNNYYRADGQNTGNFLTDRPSTKVHAAPGGGSSLGYLFGGGSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器